RNA-seq要做幾次生物學重復?找出來的100%都是真正的應答基因


尹師妹:“哈師兄,做驗證實驗好辛苦,老板讓我提高篩選差異基因的條件,盡量降低假陽性,我該怎么篩?”

 

小哈打開Evernote,給尹師妹看張表:

“瞧見那個100%了嗎?30 million mapped reads的情況下,10次重復,2倍篩選條件,Statistical power100%,找出來的都是真的應答基因;只做3次重復,2倍篩選條件,可以達到87%;

如果測序深度降到15 million mapped reads,需要10次重復,才能到85%。”

尹師妹:“我的樣品有30 M mapped reads,3次重復,我用2倍,87%的Statistical power,我覺得這樣可以接受。”

 

 

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

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