根據拿到的表達矩陣設為exprSet 1、用scale 進行標准化 數據中心化:數據集中的各個數字減去數據集的均值 數據標准化:中心化之后的數據在除以數據集的標准差。 在R中利用scale方法來對數據進行中心化和標准化 並不是表達矩陣里面的所有基因都可以進行相關性分析 ...
尹師妹: 哈師兄,做驗證實驗好辛苦,老板讓我提高篩選差異基因的條件,盡量降低假陽性,我該怎么篩 小哈打開Evernote,給尹師妹看張表: 瞧見那個 了嗎 million mapped reads的情況下, 次重復, 倍篩選條件,Statistical power ,找出來的都是真的應答基因 只做 次重復, 倍篩選條件,可以達到 如果測序深度降到 million mapped reads,需要 次 ...
2018-10-18 21:19 0 806 推薦指數:
根據拿到的表達矩陣設為exprSet 1、用scale 進行標准化 數據中心化:數據集中的各個數字減去數據集的均值 數據標准化:中心化之后的數據在除以數據集的標准差。 在R中利用scale方法來對數據進行中心化和標准化 並不是表達矩陣里面的所有基因都可以進行相關性分析 ...
無生物學重復RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一種新 ...
原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占 ...
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...
簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧,看了statQuest,感覺講的很棒,於是分享給大家原版視頻后台回復 ...
轉錄組測序中生物學重復如何來設 1.區分生物學重復與技術重復 生物學重復:指樣本重復,比如3只小鼠,同時做一種處理,就是三個生物學重復。 技術重復:一般是三次實驗,比如對一塊組織,提了三次RNA,做三次real time。 2.設置生物學 ...
冷凍電鏡 為什么冷凍電鏡 (Cryo-EM) 技術的發明可以獲得2017諾貝爾化學獎?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 ...
RNA-seq中的基因表達量計算和表達差異分析 差異分析的步驟:1)比對;2) read count計算;3) read count的歸一化;4)差異表達分析; 背景知識:1)比對:普通比對: BWA,SOAP開大GAP比對:Tophat(Bowtie2);2) Read count(多重比對 ...