RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入學到現在已經有小半年了，最近正好在做RNA-Seq的分析，記錄一下自己的成長軌跡。

 

以下是我用clusterProfiler對擬南芥的差異表達基因做的kegg富集分析：

# 載入需要的R包
library(clusterProfiler)

# 載入我用edgeR得到的差異表達基因
load("gene_all_up_down.Rdata")


#對上調基因進行kegg富集分析，並繪制柱狀圖
y = enrichKEGG(gene_up,organism='ath',pvalueCutoff=0.05)

barplot(y,showCategory = 10)


#載入的數據中，還有下調基因和所有差異表達基因，有興趣的可以做一下