預測氨基酸替換的致病性及分子機制:MutPred工具的使用


MutPred的功能是預測氨基酸替換后的致病性及其分子機制,舊版本見鏈接:http://mutpred1.mutdb.org/

新版本更新為MutPred2,見網站鏈接:http://mutpred2.mutdb.org/index.html,如下圖所示,點擊predict here

操作步驟見下圖:

 

輸入郵件地址、輸入想要查詢的蛋白質序列、最后submit等結果。

重點講中間輸入的蛋白質序列怎么來的:

首先,進入網站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/

假定尋找BRCA2 蛋白質氨基酸序列改變的致病性和分子機制,則在網頁中輸入BRCA2 ,點擊搜索,在結果展示頁點擊第一個,如下圖所示:

 

 

進入后,找到CDS,查看translation,即該蛋白質對應的野生型氨基酸,見下圖:

 

 

回到MutPred2的頁面,箭頭修改為:

>BRCA2_HUMAN 替換氨基酸及位置

框框里為野生型的氨基酸序列,即上個步驟找到的translation。見下圖:

 

提交后,郵箱會收到工作確認郵件,大約幾分鍾后就會收到結果,示例結果如下:

(圖片來源於:http://mutpred2.mutdb.org/help.html#interpret)

 


免責聲明!

本站轉載的文章為個人學習借鑒使用,本站對版權不負任何法律責任。如果侵犯了您的隱私權益,請聯系本站郵箱yoyou2525@163.com刪除。



 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM