1、IGV的網址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/（java環境）
常見的幾種輸入格式bam/sam(比對文件) TDF(bam的精簡版) bed（注釋文件） gtf/gff（注釋文件）
PSL(blat比對結果) VCF(snp,indel的信息) WIG（UCSC數據庫推薦格式wiggle track format） IGV（IGV默認的格式）
2、操作指南：http://www.docin.com/p-1847147664.html
1、導入參考基因組： genomes >> load genome from file >> reference.fasta
2、導入注釋文件： file >> load from file >> reference.gtf #文件要按坐標排序，已經排過
3、bam格式轉TDF格式： rools >> runigvtools >> count >> sampleA.bam >> run ,再生成另外一個sampleB.bam文件的TDF
bam文件必須和參考基因組文件同一目錄下，否則失敗
4、導入TDF文件： file >> load from file >>sampleA.bam.tdf ；file >> load from file >>sampleB.bam.tdf
5、導入甲基化文件（IGV格式）：file >> load from file >> sampleA.igv ;file >> load from file >> sampleB.igv