IGV解讀

 復制於：https://www.cnblogs.com/leezx/p/5603481.html

 整合基因組瀏覽器(IGV)是一種高性能的可視化工具，用來交互式地探索大型綜合基因組數據。它支持各種數據類型，包括array-based的和下一代測序的數據和基因注釋。IGV這個工具很牛，發了NB：

 James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology 29, 24–26 (2011)

使用IGV的基本思路

安裝和配置

要用linux上的IGV（首先需要去官網下載一個Linux下的IGV），然后需要一個遠程控制工具：

這里使用 VNC，網上下載破解版，安裝（輸入注冊碼即可破解，文章底部有注冊碼）。

運行IGV

開啟 linux 的 VNCserver，開啟了之后，linux上會顯示節點和端口，用於Windows端的連接。

vncserver -geometry 1366x768  #調節分辨率 

開啟服務后，Linux會提示可以登錄的節點，登錄VNC需要你的ip、端口及VNC密碼。

 運行 VNC 客戶端（VNC viewer）里的 IGV.sh 開啟可視化程序（打開Windows的VNC會自動跳轉到Linux下的IGV安裝目錄，雙擊IGV.sh即可打開）。

1.載入參考基因組數據

可以點擊選擇一個，也可以通過菜單欄Genomes載入文件。

2.載入排序后的bam文件

通過菜單欄的File，load from file。。。

IGV可視化數據准備

不是什么數據都可以拿IGV看的，參考基因組必須為FASTA格式；

IGV只是負責將比對結果可視化，並沒有比對過程，所以不能直接載入reads；

需要將待比對的reads與前面指定的參考基因組用bwa進行比對； 

比對后的sam文件也不能直接載入（麻煩），要轉bam；bam排序；bam建索引（可以一步完成）；

命令流程如下：

BWA出來的sam文件無法直接被 IGV 利用的，必須經過 samtools 處理后才能被 IGV 顯示出來。

samtools view -@ 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam

samtools sort -@ 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted

samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bai

samtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt

wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt

更多的使用細節參照 samtools 使用方法。

IGV 需要設置內存,在看大型基因組時很吃內存.

示例：

下面顯示的是組裝異常區，這是手動連接的地方，Pacbio全部不能順利跨過去，說明組裝有問題。

 以下是單細胞轉錄組比對可視化：

IGV基本操作

如何去掉右邊自動彈出的框框？

藍色框起來的reads是啥？

IGV用戶指南

目錄：http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide

1. 用戶界面
2. 開始使用IGV
3. 導航
4. 加載一個基因組
5. 外部控制IGV
6. 查看參考基因組
7. 加載數據和屬性
8. 查看數據
9. 查看比對（核心）
10. 查看Variants
11. 基因列表視圖
12. 感興趣的區域
13. 樣本的屬性
14. 排序、分組和過濾
15. 保存和恢復會話
16. 服務器配置
17. Motif查找器
18. igvtools
19. BLAT 搜索

1.用戶界面

1.1 Main Window（主窗口）

1.tool bar（工具欄），menu bar（菜單欄），pop-up menus（彈出式菜單）。

2.染色體上的紅色盒子表示顯示這部分染色體，顯示完整染色體是紅框會消失。

3.尺度顯示了染色體的可見部分，刻度線顯示了染色體的位置，跨度列表顯示了當前顯示的鹼基的數量。

4.IGV在水平行顯示的數據稱為tracks。通常,每個tracks代表一個樣本或實驗。這個例子展示了甲基化、基因表達、拷貝數，LOH和突變數據。

5.IGV也顯示某些特性,比如在tracks中的基因。默認情況下,IGV在一個面板顯示數據，在另一個面板顯示數據特性。拖放一個track名稱，將一個track從一個面板移動到另一個地方。

6.Track名稱列在最左邊面板。名字的易讀性取決於 tracks的高度，例如，track越小，它的名字的可讀性越小。

7.屬性名稱被列在頂部的屬性面板。彩色塊代表屬性值,每個獨特的值被都有一個獨特的顏色。鼠標放在一個顏色塊的附近來查看其屬性值。 

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 參考資料

IGV官網

IGV User Guide  和  HTML版本

Viewing Alignments（查看比對，核心文檔）

IGV軟件使用指南(博客)

修改VNC分辨率大小

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 軟件安裝：

 RealVNC是一款免費的遠程控制程序，它是VNC （Virtual Network Computing）眾多操作平台版本中的一員，這里小編提供的RealVNC適用於windows操作平台，軟件采用2048 位 RSA 服務器驗證和 128 位 AES 會話加密術，安裝此軟件的電腦可在全球各地遠程操控自己的電腦，所操作平台沒有任何限制。

功能特色

1.Windows 驗證 —— 允許訪問 VNC 服務器以便控制基於標准的 Windows 用戶證書， 無論其是本地的、NT 域或者基於 Active Directory。
2.單一登錄 —— 允許在一個域內部訪問 VNC 服務器而不需要重新輸入用戶的名稱和口令。
3.簡單但有效的部署 —— 用 VNC Tool，即 VNC Deployment Tool for Windows 安裝和 管理 VNC Enterprise Edition 服務器。
4.桌面縮放 —— 通過精確的比例縮放，或動態縮放為任何大小。
5.Windows 防火牆集成 —— 使 VNC Server 可以更直接的部署。
6.文件傳輸 —— 與 Windows 剪貼板結合，允許通過 VNC 連接在服務器和查看器計算機之間 復制文件而不需要額外的配置。
最好的就是，與 VNC Enterprise 系列的其他產品一樣，VNC Enterprise Edition for Windows是由原始 VNC team 設計、開發和維護的。

RealVNC注冊碼

3YHED-MNEHC-RMJT5-4UAAK-6A5HA
FBV9V-7Z3V9-MED3U-47SEU-85T3A
HA7MG-J8R3J-R3528-HC6P5-HTQ6A
B7SLM-7MAX5-B4M74-UTDBE-K5WFA
7736G-H4YBP-6ZCEU-AM3H4-QBTWA
NUQQ6-UP89V-9XGPU-GUYU9-U6VTA