rna call varients時gatk推薦工具，broad institute都推薦了，還是encode計划時冷泉港內部開發的，特點：超級快速（8min map完6gb的reads）、as支持性好、支持長reads、全轉錄本、發現嵌合轉錄本等，有理由看一下。百度了下，沒中文的博文，我來翻譯一個吧……
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原理：
STAR utilizes sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure.
使用：
沒耐心讀manual的人：
1.安裝：
建議下這個預編譯靜態連接穩定版的 https://rna-star.googlecode.com/files/STAR_2.3.0e.Linux_x86_64_static.tgz
或github自行下載新版，解壓后即有預編譯的執行文件，可在x86和x64的linux上運行，mac OS等其它環境需要自行編譯。（筆者用2.4.0d版本，動態和靜態庫版都經常出現c++的一些問題，估計是集群的環境較低導致，避免折騰，用上面那個googlecode里下載的穩定版）
2.建庫：對genome建索引，新建文件夾/path/to/GenomeDir
2種方式，無注釋的：
有注釋引導的（gff3或gtf）：
gff3的話，再加 --sjdbGTFtagExonParentTranscript Parent
4.共享內存：
map的時候，這個參數控制基因組讀到ram里面是否作為共享的，如果共享，其它在同節點運行的同樣以此genome作為ref的star任務，可以共享它，節省計算資源。若要使用，請讀manual。
log、sam、剪切點注釋 三類文件，需要注意的是，sam里第五列 uniquely mapping reads的map質量值是255。
Manual：
https://code.google.com/p/rna-star/downloads/detail?name=STARmanual_2.3.0.1.pdf
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star map to gatk：
2輪map策略，第一次直接用ref的fa序列建index來map，生成的js注釋合並ref的fa再建庫，再map一次。 map完用picard加read groups，等。后續gatk中加上Split'N'Trim步驟，此步驟gatk3.2-2中存在bug，無法跑通，需要下載nightly builds版本或更新穩定版。
詳見gatk說明頁面：