基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结
细胞状态转换轨迹构建示意图（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014）在各种生物系统中，细胞都会展现出一系列的不同状态（如基因表达的动态变化等），这些状态（state）之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程，从不成熟的细胞逐渐分化 ...
原文：单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断
单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断细胞多样性不能通过离散的分类系统 例如细胞聚类 充分描述。观察到的细胞异质性发展的生物进程是一个连续过程 Tanay Regev， 。因此，为了捕获细胞身份之间的过渡状态 不同的分化分支或生物学功能的渐进式非同步变化，我们需要动态的基因表达模型。这类方法称为轨迹推断 trajectory inference，TI 。 轨迹推断方法将单细胞 ...
2021-06-27 17:59 0 358 推荐指数：
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