原文:ERCC spike-in RNA的调研

ERCC的调研 在RNA seq数据分析中,为了比较不同样本 不同基因之间的表达差异,通常会对数据进行标准化转化,得到RPKM FPKM TPM等指标。但是这些指标都是相对定量,相对定量有两个前提: 是绝大多数的gene表达量不变 是高表达量的gene表达量不发生改变。 可是在一些比较特殊的样本体系下,这两个基本假设有可能不能同时符合。比如针对很多癌症样本,经常会出现一些很重要的高表达gene发生 ...

2020-02-25 17:45 0 2900 推荐指数:

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RNA velocity | RNA速率

单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA ...

Mon Aug 20 20:19:00 CST 2018 0 2390
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
初探RNA | RNA分类 | miRNA | lncRNA

基本问题: RNA的起源、定位和意义 明确RNA的各种概念分类 各种RNA的基本结构和功能 意义 有一种学说:RNA是生命的起源。 先有鸡(DNA)还是先有蛋(蛋白质),好像都不太可能,那有没有可能先有RNA?桥接了DNA和蛋白质,RNA本身也是一种酶 ...

Wed Dec 15 21:49:00 CST 2021 0 813
RNA velocity | RNA速率 | velocyto教程

一个比原版更好用的RNA velocity分析工具:velocyto GitHub:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R readthedoc:http://velocyto.org/velocyto.py/index.html 历史 ...

Wed Jan 13 00:57:00 CST 2021 0 1659
单细胞测序 RNA velocity | RNA速率

单细胞测序 RNA velocity | RNA速率 RNA velocity:the time derivative of the gene expression state—can be directly estimated by distinguishing between ...

Sun Jun 27 18:21:00 CST 2021 0 210
SLAYER: Spike Layer Error Reassignment in Time

郑重声明:原文参见标题,如有侵权,请联系作者,将会撤销发布! 32nd Conference on Neural Information Processing Systems (NeurI ...

Tue Jan 19 17:25:00 CST 2021 0 633
jmeter模拟spike测试(尖峰测试)

概述 尖峰测试(Spike testing)在性能测试中属于压力测试的一个子集。指的是在某一瞬间或者多个频次下用户数和压力陡然增加的场景。 为了验证我们的网站在访问用户急剧增加的情况下,或者短时间内反复急剧增加工作负载时能否正常工作;以及程序能否从高负荷中恢复并正常工作时常常用到这种测试 ...

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