DiffBind是基于peak的差异分析包,peaks由其他peak caller软件生成,如MACS2、HOMER.一个peak可能表示一个染色质开放区域、蛋白质结合位点等。call出来的peak是 ...
ATAC seq Assay for Transposase Accessible Chromatin with high throughput sequencing 是 年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性 通常也理解为染色质的开放性 的方法, 原理是通过转座酶Tn 容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn 酶捕获到 ...
2020-02-22 18:57 0 908 推荐指数:
DiffBind是基于peak的差异分析包,peaks由其他peak caller软件生成,如MACS2、HOMER.一个peak可能表示一个染色质开放区域、蛋白质结合位点等。call出来的peak是 ...
补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...
表观遗传 表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序: 参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...
: 1. RNA-seq分析差异基因,间接推测调控的转录因子。 2. 基于大量的ChIP-seq公共数 ...
本文的分析套路剑指10-20分的journal,全是干货。 发现一个不错的专题,讲得很详细。 ATAC-seq/ChIP-seq分析方法 其中一个细节IDR,讲得很通俗。 第6篇:重复样本的处理——IDR ATAC-seq data analysis: from ...
functional genomics | epigenomic annotations 刚入行的总是一头雾水,对这些表观的标记一点兴趣都没有,种类繁多,总是记不住,这里我就做一个常识性的总结,不搞 ...
参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下 ...
网络输入是一个序列,一句话,图像的某一行,都可以认为是一个序列, 网络输出的也是一个序列。 RNN的架构 我们把所有的输出o连起来,就成了一个序列。 rnn有一些缺点,lstm可以加入一个 ...