oPOSSUM 3.0的介绍 oPOSSUM是一个网页工具,用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 这里由于我们使用 ...
什么是转录因子 转录因子 转录因子基本介绍 什么是转录因子 转录因子 Transcriptionfactor,TF 是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体,提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。转录因子特点是它包含一个或多个DNA结合域 DNA binding domain, DBDs ,通过这些结合域与基因附近的DNA序列结合,从而完成调控 转录因 ...
2018-10-18 22:37 0 10052 推荐指数:
oPOSSUM 3.0的介绍 oPOSSUM是一个网页工具,用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 这里由于我们使用 ...
研究可以做得很浅,查查genecard数据库,从数据库里找找motif,用工具跑跑target gene,构建一下基因调控网络GRN。 研究也可以做得很深,了解一个物种里面有哪些transcription factor families,这些转录因子各自是如何发挥作用的,这些家族是如何归类 ...
ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:http://genome.imim.es/datasets/abs ...
转录因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因组里很容易出现随机比对,而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现,说明它的可变性,因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的,因为很难找到一个方法(阈值)来判断真正的比对和随机的比对 ...
生物信息里面有几种典型的network: PPI,就是蛋白互做的网络,直接可以从STRING数据库下载; TF correlation network,就是根据转录组的数据来构建相关性; TF target network,SCENIC等就是做这个的; 自己构思 ...
进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target ...
众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...
ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框)。 CDS的英文展开是coding sequences (编码区)。 CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含 ...