或者T都是可以的 miRNA 靶基因预测我采用了3个工具 1、psRNATarget: ...

转录因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因组里很容易出现随机比对，而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现，说明它的可变性，因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的，因为很难找到一个方法（阈值）来判断真正的比对和随机的比对 ...

就基因家族工作做一简单介绍 基本思路 数据准备 确定好研究的基因家族后（比如：NBS，MADS-box etc.），下面就可以下载相关数据。 所研究物种的基因组序列； genome.fa 所研究物种蛋白序列；pep.fa 所研究物种gff文件 目标基因家族 ...

PrediXcan , SPrediXcan，MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因，弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程： 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan ...

通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。 1 、利用软件HMMER进行模型搜索，软件官网：http ...

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 　　在此之前，应安装一下软件 　　Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后 ...

Assemblytics， 发表在Bioinformaticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27318204，鉴定基因组间SV。 Githup，https://github.com/marianattestad/assemblytics ...

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...