原文:tRNAscan-SE 预测tRNA基因

tRNAscan SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因 在线的tRNAscan SE的链接如下:http: lowelab.ucsc.edu tRNAscan SE 如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可 结果界面如下: 首先是预测的tRNA基因 表头解释如下: Sequence Name : 输入的用于预测tRN ...

2017-06-29 11:16 0 1749 推荐指数:

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如何注释基因组中的tRNA + 安装tRNAscan-SE

简介 tRNAtRNA是mRNA翻译到蛋白的步骤中根据密码子搬运氨基酸的RNA。这个结构的最核心部位就是与密码子配对的三位碱基。tRNA长得像一个三叶草,大概76-90 bp,所以除了三位碱基,识别其二维结构,是为了知道如何折叠成三叶草。 tRNAscan-SE用 Perl 整合 ...

Thu Jul 27 05:05:00 CST 2017 0 1710
tRNAscan-SE

tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列,也就是说你给定一组基因序列(fasta数据格式),可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种 ...

Sun Oct 12 18:09:00 CST 2014 0 2221
基于PASA进行基因预测

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

Tue Mar 10 23:39:00 CST 2020 0 2124
tRNA 二级结构预测可视化

tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search, 物种输入为 human , 然后点 ...

Mon Mar 27 21:54:00 CST 2017 0 1604
基因组序列注释 (基因结构预测

基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型,有三种策略: 同源预测(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
 
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