【基因组组装评估】转录组比对率
做完基因组组装后，通常要评估基因组的质量，目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage，BUSCO，LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法，通常可以排除转录组数据是否存在问题，也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...
原文：基因组组装结果质量评估
参考： 干货 基因组组装你了解多少 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN 和scaffoldN 是第一指标，即contig scaffoldN ：将contig scaffold长度从长到短进行排序并累加，当累加和达到contig scaffold总长度的 的时候，最后参与加和的那一条contig scaffol ...
2016-07-27 13:45 0 5327 推荐指数：
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