官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html 安装 第一种情况的: tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz ...
The C executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Extended documentation for all of the options can be found on the manual page. Running the program Getting ...
2015-03-31 21:09 0 11447 推荐指数:
官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html 安装 第一种情况的: tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz ...
1、使用一下命令 编译中出现报错: 查了一下资料,大概是PKG_CONFIG_PATH这个环境变量出了问题,找不到软件安装过程中依赖包的位置。 在PKG_CON ...
VCFtools用来处理VCF文档。 筛选特定突变 比较文件 总结突变 转化文件格式 验证并合并文件 取突变交集和差集 Get basic file statistics input可以为VCF或BCF格式(--vcf --gvcf or --bcf ...
因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息 ...
一般来说有两种解决方案。 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error ...
下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下: 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt ...
1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700 ...