1.下載解壓 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd ...
構建系統發育樹 有參考 Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution 最后決定用mafft phylosuite raxml 首先需要將序列進行比對 在這里使用mafft 下載phylosuite主要用來提取保守序列 配着這三處設置即可得到提取好的序列 之后將fasta轉化成phyl ...
2021-11-29 22:05 0 1142 推薦指數:
1.下載解壓 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd ...
簡介 最經典和廣為熟知的多序列比對軟件是 clustalw 。 但是現有的多序列比對軟件較多,有文獻報道:比對速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比對准確性(MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...
沒有授權禁止轉載 話說ML進化樹如果要進行高bootstrap值的驗證的話對於計算能力要求是很高的。不並行做基本不可能。 所以下了一個RAxML,在linux下有好幾種編譯方式,看了一下手上的機器支持AVX指令集,所以選擇AVX-MPI方式吧。 先安裝openmpi,照網上教程編譯就行 ...
[轉記]MAFFT多重序列比對圖解教程 【絮語】 一提到多重序列比對,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx為ClustalW的GUI版),其實有一款多重序列比對軟件-MAFFT,不論從比對速度(Muscle>MAFFT ...