原文:mafft+phylosuite+raxml

構建系統發育樹 有參考 Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution 最后決定用mafft phylosuite raxml 首先需要將序列進行比對 在這里使用mafft 下載phylosuite主要用來提取保守序列 配着這三處設置即可得到提取好的序列 之后將fasta轉化成phyl ...

2021-11-29 22:05 0 1142 推薦指數:

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RAxML安裝

1.下載解壓 $ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip $ unzip standard-RAxML-master.zip $ cd ...

Fri Dec 14 08:32:00 CST 2018 0 977
MAFFT 進行多序列比對

簡介 最經典和廣為熟知的多序列比對軟件是 clustalw 。 但是現有的多序列比對軟件較多,有文獻報道:比對速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比對准確性(MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
使用RAxML做Maximum likelihood 進化樹

沒有授權禁止轉載 話說ML進化樹如果要進行高bootstrap值的驗證的話對於計算能力要求是很高的。不並行做基本不可能。 所以下了一個RAxML,在linux下有好幾種編譯方式,看了一下手上的機器支持AVX指令集,所以選擇AVX-MPI方式吧。 先安裝openmpi,照網上教程編譯就行 ...

Mon Jan 04 03:32:00 CST 2016 0 4650
MAFFT多重序列比對--(附比對彩標方法)

[轉記]MAFFT多重序列比對圖解教程 【絮語】   一提到多重序列比對,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx為ClustalW的GUI版),其實有一款多重序列比對軟件-MAFFT,不論從比對速度(Muscle>MAFFT ...

Sun Jun 21 21:34:00 CST 2015 0 16209
 
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