RAxML安裝

1.下載解壓

$ wget https://codeload.github.com/stamatak/standard-RAxML/zip/master -O standard-RAxML-master.zip

$ unzip standard-RAxML-master.zip

$ cd standard-RAxML-master

2.安裝

在 Linux 按 CPU 的計算速度，有 3 種版本： 標准版， SSE3 和 AVX 版本。 按並行化方式有 4 種版本： Sequential, Pthreads, MPI, Hybrid Pthreads/MPI 。可以編譯出 12 個不同版本的 RAxML 程序。 SSE3 版本比標准版快 ~40%, AVX 版本比 SSE3 版本快 10~30% 。 與 CPU 支持有關。

$ make -f Makefile.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.PTHREADS.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.MPI.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.MPI.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.MPI.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.HYBRID.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.SSE3.HYBRID.gcc

$ rm *.o

$ make -f Makefile.AVX.HYBRID.gcc

$ rm *.o

3.設置環境變量

$ cd ..

$ mv standard-RAxML-master /opt/biosoft/RAxML-8.0.26

$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.0.26/'

>> ~/.bashrc

$ source ~/.bashrc