基因組共線性分析方法
#===================================== 版本1 ================================== 鏈接地址：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者： wyp 版本：Perl ...
原文：【比較基因組】McScan jcvi比較兩個基因組共線性細節記錄
目錄 軟件的安裝 基因組的准備 一些細節 建議和示例 軟件的安裝 Python版McScan jcvi工具包 ：https: github.com tanghaibao jcvi 以前只有python ，現在已有python 版本，建議用py 。安裝可用pip： pip可能會安裝很慢。建議還是用conda，要快很多，最好新建環境。 這時，你已經能使用命令，表面上安裝成功了，實際上可能還缺少很多依 ...
2021-10-23 21:34 0 2099 推薦指數：
相關推薦
基因組共線性分析工具MCScanX
軟件簡介 MCScanX工具集對MCScan算法進行了調整，用於檢測共線性和同線性區域，還增加了可視化和下游分析。。MCscanX有三個核心工具,以及12個下游分析工具。 軟件安裝 進入官網http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm，下載安裝 ...
參考基因組
參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...
基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...
比較基因組學中-利用單拷貝基因構建進化樹
（1）同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder； （2）多序列比對 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee， Muscle 效果好點 （3）調取保守區域，並收尾連接，形成supergene Gblocks ...
NextDenovo 組裝基因組
NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT，Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效)，可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后， ...
基因組轉座元件
轉座元件是一類能改變其自身在基因組當中的位置的DNA重復序列，它能夠使得突變產生，也能“逆轉”已有突變，它能改變生物細胞的遺傳屬性和基因組穩定性。1951年，美國冷泉港著名女性細胞遺傳學家Barbara McClintock發表文章“Induction of Instability ...
如何到NCBI提交基因組
1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子：純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據到 NCBI 需要什么？ .fsa 格式的基因組數據； fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴，里面是 fasta格式 ...