單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數據
上一篇已經講解了Seurat標准流程，推文的最后，注意到了不同樣本之間的表達數據是存在批次效應的，就像下圖這樣，有些是可以聚到一起的亞群，卻出現了不同樣本分開/偏移的情況，比如第3群，這種就是批次效應： 接下來我會介紹Seurat v3的標准整合流程、Seurat結合Harmony 的整合 ...
原文：單細胞測序 批次效應 batch effect
什么是批次效應 大型的單細胞測序項目一般都會產生許多細胞，這些樣本制備過程很難保持時間一致 試劑一致，另外上機測序的時候也不一定在同一個測序儀上。 具體可以看這篇文章： https: www.nature.com articles nrg Batch effects are sub groups of measurements that have qualitatively different b ...
2021-06-27 10:59 0 447 推薦指數：
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