參考基因組
參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...
原文：參考基因組fasta文件添加index
參考基因組fasta文件添加index 命令一 命令二 投遞任務時， M內存夠用 命令三 這三個命令下來，建立的參考基因組的index夠大部分生信流程用 ...
2021-03-10 15:50 0 268 推薦指數：
相關推薦
【轉錄組入門】4：參考基因組和注釋文件
作業要求： 在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細說明，從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業，截圖幾個基因的IGV可視化結構！還可以下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖基因結構 ...
參考基因組及注釋文件下載
從三大核酸數據庫NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...
轉錄組（四）：了解參考基因組及基因注釋
參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組； 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看感興趣的基因的結構，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖 ...
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)
之間介紹過annovar進行對snp注釋，今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It an ...
如何識別自己基因組數據是哪個全基因組參考版本（Genome Reference Versions/ Genome Build）
首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟： 第一步，打開你的基因組數據bim文件（Plink格式），隨便找一個 ...
從NCBI中下載各物種參考基因組
1. 打開NCBI 2. 輸入物種名，以HPV為例： 搜索，到genomes分欄下面選擇Assembly點擊進去 3. 進去下面的界面，再點擊RefSeq進入下載界面 4. 進入下載界面： HPV參考基因組下載界面：https ...