原文:mVISTA 多序列比對葉綠體基因組

mVISTA可對 個或者多個DNA序列進行比較,可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件 或者GENBANK identifier 上傳文件不得 gt Mb 可選文件 比對程序 一般選第 個即可 a. AVID b. LAGAN c. Shuffle LAGAN 序列名稱 序列名稱會顯示在結果圖片中 ...

2021-01-26 09:41 0 752 推薦指數:

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MISA(在線)注釋葉綠體基因組SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即簡單重復序列,是一種以PCR技術為核心的DNA分子標記技術,也稱為微衛星序列或者串聯重復。 簡單重復顧名思義就是以很短的序列為一個單元,比如5個鹼基(ACGTA),連續進行重復多次的重復。根據重復單元的長短,可將其細分 ...

Sun Jan 24 05:52:00 CST 2021 0 399
二代數據組裝葉綠體基因組

與核基因組相比,細胞器基因組相對來說,更為保守,並且序列較短,更加易於組裝,僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法,僅供參考。 1 數據 本次我使用的二代數據為50X。下機后,首先通過fastq對其進行過濾,改軟件操作較為簡單,僅僅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
基因組組裝評估】轉錄比對

做完基因組組裝后,通常要評估基因組的質量,目前可以采用二三代數據比對基因組比對率和coverage,BUSCO,LAI等。轉錄數據比對率也是我們常用的方法,通常可以排除轉錄數據是否存在問題,也方便在后續注釋中排除轉錄數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...

Fri Oct 29 22:27:00 CST 2021 0 873
RNA-Seq基因組比對工具HISAT2

原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占 ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
在物種水平上的宏基因組比對分析流程

文章鏈接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 時間:2016.10.15 摘要: 許多宏基因組分類工具在宏基因組學領域 ...

Sun Nov 20 19:26:00 CST 2016 0 1550
基因組序列注釋 (基因結構預測)

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄預測 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
genome repeat sequence | 基因組重復序列

基因組里的小寫字母的序列就是soft masking,也就是被標記的重復序列。 怎么把重復序列提取出來,保存為bed文件? 參考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome ...

Mon Mar 26 08:00:00 CST 2018 0 935
 
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