SNP 過濾（二）
本文轉載於https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位點過濾 SNP過濾有兩種情況，一種是僅根據位點質量信息（測序深度，回帖質量等）對SNP進行粗過濾。如果使用GATK對重測序結果進行SNP calling，那么可以考慮下面的標准 QD< ...
原文：Heterozygosis SNP 和 Homology SNP, SNP的二態性
純合SNP和雜合SNP是SNP calling軟件如GATK或者SAMtools根據測序深度 鹼基質量值 比對質量值和基因型質量值等綜合判斷出來的純合和雜合， 簡單來說，純合SNP可以認為該位點測到的所有reads只是一種鹼基類型，雜合SNP為二種或二種以上的鹼基類型，不排除特殊位置。 SNP一般為 個等位基因 理論上,SNP可以由 個等位基因組成,但實際上,在人類基因組中SNP一般為 個等位基 ...
2020-12-28 17:28 0 444 推薦指數：
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