homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...
本文為嘗試性安裝試驗,預計耗時 分鍾。 怕有什么不靠譜的,先不看別人的博客,直接看GitHub。 git clone https: github.com GMOD jbrowse.git 官網寫得太明白了,似乎不需要我說什么了: https: jbrowse.org docs installation.html windows的安裝路徑如下。 https: jbrowse.org blog htt ...
2020-12-02 21:41 0 378 推薦指數:
homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因組瀏覽器中還有個 ...
的選擇 4)質控、基因組組裝、質量評估 5)基因組注釋 6)生物學分析 ...
MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因組學進行物種和功能研究的常用軟件,實際上現在的Diamond+MEGAN6已經是一套比較完整的物種和功能注釋流程了。 但是由於各種原因,我們在流程中使用的並非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差別較大,尤其在命令行模式下。網上 ...
本文默認讀者有一定的生信基礎,沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 ============================================================ conda install perl-bioperl conda update conda ...
植物vs動物總結版: 簡述高等植物基因組(可以以擬南芥和水稻基因組為例)與高等動物基因組(可以以人類、果蠅等基因組為例)在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組在基因結構上的基本差異主要是生命組學的第一困境,即復制-轉錄負載困境。 機制: 1.從平衡流 ...
有寫過數據合並,踩不完的坑 下面直接講一下怎么使用。 這個工具安裝和使用都非常簡單,老少皆懂。 第一 ...