系統發育樹處理
PAUP PAUP（簡約法和其他方法的親緣分析）是由簡約法、最大似然法和距離法用於親緣分析的程序，為系統發育分析提供一個簡單的，帶有菜單界面的，與平台無關的，擁有多種功能（包括進化樹圖）的程序。 WINIPAUP 1.0 ...
原文：系統發育（進化）樹繪制小結
目錄 .分析軟件 .進化樹美化和注釋 . iTOL美化 . ggtree .分析軟件 很多很多軟件，最常用的有： MEGA PHYLIP 構建進化樹一般的步驟是：序列比對，構樹 距離法，獨立元素法 ，Booststrap驗證。 通常如果是fasta序列，選用方法和軟件直接構建就好。 如果要從vcf或hapmap等格式文件構建，則需要做一些處理。可以用類似SNPhylo的流程來處理，它支持VCF， ...
2020-10-26 19:57 0 2325 推薦指數：
相關推薦
系統發育樹理論基礎
地位，使得進化生物學發生了一場革命性的變革。 其中共同祖先學說是構建系統發育樹的理論基礎(p ...
系統發育樹構建算法和軟件
文章轉載於 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 （1）距離法 對於UPGMA樹現在已經很少見了，我只有在處理SSR數據的時候分析過一次，ME的方法不適用於物種數目較多的時候，計算時間較長。因此在這里以鄰接法，NJ（Neighbor-Joining ...
系統發育樹鄰接法（NJ）和非加權組平均法（UPGMA）之比較
目錄 1.原理的區別 2.實操比較 UPGMA NJ法 保存樹文件 更深理解 1.原理的區別 主要區別在於，非加權組平均法（UPGMA）是基於平均鏈接方法的聚集層次聚類方法，而鄰接法（NJ）是基於最小演化准則 ...
基於序列比對的系統發育分析
1、簡介： 進化生物學是指研究不同生物在一段時期中的改變，其目的是提供理論，進而解釋生物多樣性的過程和機制。與證據充足的生物學相比，支持進化生物學的確鑿證據並不多，往往只能通過其他生物學分支學科提供的例證來形成理論，形成的理論來解釋這些例證。譬如鯨類為什么能適應水生環境 ...
同源序列比對和進化樹的繪制（轉）
轉自：果子學生信 微信公眾號 題目：結合本研究領域，利用核酸（NCBI、EMBL和DDBJ）和蛋白質（SWISSPROT）找出你感興趣的基因或蛋白質，並找出其同源的基因或者蛋白，分析它們的進化歷史 解答： 1.找出感興趣基因或蛋白的序列 2.找出其同源的基因或蛋白 3.凈化 ...
基於遺傳距離的方法構建系統進化樹
二、接下來基於遺傳距離矩陣構建系統進化樹軟件使用 /lustre/softs/phyl ...
系統進化樹-原理介紹及軟件使用
--系統進化樹-原理介紹及軟件使用-- 引自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系統進化？ 系統發生分析一般是建立在分子鍾基礎上的。分子鍾:分子序列進化是按照一恆定速率進行的，所以積累突變的數量 ...