| PAUP | PAUP（簡約法和其他方法的親緣分析）是由簡約法、最大似然法和距離法用於親緣分析的程序，為系統發育分析提供一個簡單的，帶有菜單界面的，與平台無關的，擁有多種功能（包括進化樹圖）的程序。 |
| WINIPAUP 1.0 | PAUP軟件WINDOWS介面軟件。 |
| Phylip 3.695 | 進行進化樹分析。它可以分析DNA與蛋白序列， 限制位點等，並可繪制進化樹。程序含有許多選項可以精確控制與分析。 |
| TreeView 1.6.6 | 是用來生成與打印進化樹的軟件，它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進化樹格式文件，生成進化樹,並輸出到打印機。 |
| GeneTree 1.3 | 是用來比較基因與種系進化樹的程序。 |
| NDE 0.5.0 | NDE是用來編輯NEXUS格式文件的程序，見上TREEVIEW。 |
| TreeMap 3.0b | 用來可視地比較主、從進化樹。 |
| Phyltools 1.32 | 是Phylogenetic Computer Tools的縮寫，是一個與進化樹軟件Phylip共同使用的軟件，用來計算與處理進化樹數據的軟件，包括RFLP、RAPD與AFLP數據。 |
| tree-puzzle 5.2 | 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進化樹構建工具。根據序列數據的最大相似性構建進化樹，可對大量數據進行快速分析構建，程序還包含數個統計測試。解壓后，有詳細使用手冊及程序源代碼。 |
| Archaeopteryx 0.9813 | 是一個Java語言編寫的工具，用來顯示"New Hampshire"與NHX格式的進化樹文件。 |
| TREECON 1.3b Demo | 是一個主要用來構建和繪制進化樹的軟件包，還可進行序列距離評估計算、文件格式轉換等工作。演示版不能打印與存儲，只能配合截圖工具使用。 |
| COMPONENT 2.0 | 分析進化樹免費軟件。 |
| NJplot 2.4 | 一個小巧的顯示進化樹的免費軟件。 |
| MEGA 5.2.2 | 免費分子進化遺傳分析軟件，也是文獻中經常用到的軟件。該版本對使用界面做了優化，並有多種統計學算法。 |
| TreeSAAP 3.2 | (Selection on Amino Acid Properties的縮寫)蛋白序列進化分析軟件。 |
| mesquite 2.75 | 進化分析軟件，JAVA語言寫成需要安裝java環境。 |
| PAL 1.51 | Phylogenetic Analysis Library的首字母縮寫，進化分析java程序庫。 |
| Vanilla 1.2 | 使用PAL編寫的進化分析命令行程序。 |
| SplitsTree 4.13.1 | JAVA程序編寫的分析和顯示進化數據軟件。需要安裝TCL/TK程序方可運行。 |
| TCS 1.21 | JAVA程序所寫的進化網絡分析軟件。 |
| GEODIS 2.6 | 進化分析軟件。 |
| RDP 4.46 Beta | 重組分析軟件。 |
| FastME 2.0.7 | 非常快速精確的進化樹軟件。 |
| T-REX 4.01 | 進化樹構建分析軟件。 |
| FSTAT 2.9.3.2 | 基因差異分析軟件。 |
| ProfDist 0.9.9Beta | 構建大進化樹軟件。 |
| STC 1.2 | 新的算法構建進化分析軟件。 |
| PVT | Phylogenetic Visualization tool，進化樹顯示工具。 |
| PHASE 2.0 | PHylogenetics And Sequence Evolution的縮寫，序列進化分析軟件。 |
| BAMBE 4.01a | Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution的縮寫，分子生物進化分析軟件。 |
| jMODELTEST 2.1.7 | 核苷酸替換DNA進化最優模型分析軟件。 |
| ModelPie 1.01 | MODELTEST 的WINDOWS圖形操作介面軟件。 |
| Clann 3.2.2 | 以色列科學家編寫進化樹分析軟件。 |
| Phylogenetic Independence 2.0 | 進化獨立性分析軟件。 |
| Jevtrace2 v3.16 | 需要到原始網站注冊。JAVA語言寫的進化分析軟件。 |
| NimbleTree 2.6 | 需要到原始網站注冊注冊下載，建立進化樹軟件。 |
| Phyl-O-Gen 1.1 | 構建進化樹軟件。 |
| BEAST 2.2.1 | 貝葉斯進化分析軟件。 |
| MESA 1.9.23 | (MacroEvolutionary analysis and SimulAtion) 宏進化分析和模擬軟件。 |
| TreeJuxtaposer 2.1 | 進化樹比較分析軟件，JAVA語言編寫。 |
| TreeExplorer 2.12 | 進化樹繪制顯示軟件。 |
| TreeMe 07/2008 | 進化樹生成和顯示軟件。 |
| DNATREE 1.3 | DNA序列進化分析軟件。 |
| Genie 3.0 | (Genealogy Interval Explorer)系譜間隔分析軟件，用於病毒基因或其它序列數據的進化分析。 |
| Pebble v1.0 | 進化分析軟件； |
| ArboDraw 2006 | 進化樹繪圖軟件 |
| MrBayes 3.2.5 | 進化樹分析軟件； |
| Network 4.613 | 進化樹生成軟件； |
| PhyDE 0.9971 | 進化數據編輯器； |
| PRAP 2.0b3 | Parsimony ratchet分析軟件 |
| PPG 1.2.0 | 制作系統發育圖譜軟件。 |
| CopyCat 2.03 | 聯合進化樹分析工具 |
| Dendroscope 3.2.10 | 大進化樹顯示軟件 |
| TreeGraph 2.4.0-456 beta | 進化樹圖編輯軟件 |
| SeqState 1.41 | 進化DNA數據的引物設計序列統計軟件 |
| CDTree 3.1 | 蛋白序列進化樹分析繪圖軟件。 |
| TreeDyn 198.3 | 進化樹分析動態作圖標記軟件。 |
| Baobab 3.31 | Java語言編寫的大進化樹編輯軟件。 |
| Bosque 2.0 alpha | 增加圖形化進化分析軟件。 |
| DoubleTree 0.7 | 比較兩個系統進化樹軟件。 |
| figtree 1.4.2 | 進化樹圖像顯示軟件。 |
| DensiTree 2.2.1 | 進化樹集定量分析，后驗分布顯示工具軟件。 |
| Leaphy 1.0 | 大相似算法maximum likelihood (ML)分析進化樹軟件。 |
| Phylodendron 0.8d | 進化樹繪制軟件 。 |
| RASP 3.2 | 系統發育祖先性狀重構軟件 |
轉載自：https://mp.weixin.qq.com/s?src=3×tamp=1570280746&ver=1&signature=Jhpg4WnkVS8bztw9izdaxj4tivAh1vLAt*tE4A2sGbL-gvs7ovf52Ydgxk1RisVIaq1l1S536sxnDE7N21CEur3cAcSGL9WscnGSfO5LZoWR9t*WXCc6bcpfQpsjtT1v14XdRFHBBTN0HTmHNQyPuJV5NFixioFFqkiElodKtsg=