原文:基因組Denovo組裝原理、軟件、策略及實施

目錄 . 組裝算法 基於OLC算法 基於DBG算法 OLC vs DBG . 組裝軟件 . 組裝策略 . 組裝項目實施 測序前的准備 測序樣品准備 測序策略的選擇 質控 基因組組裝 質量評估 基因組注釋 生物學分析 更多參考內容 . 動植物Denovo測序項目的主要分析內容 . 組裝算法 一般有基於OLC Overlap Layout Consensus, 先重疊后擴展 和基於DBG De Br ...

2020-09-01 16:47 0 3392 推薦指數:

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NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT,Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效),可通過correct--assemble對其進行組裝組裝后,每個鹼基正確率為98-99.8%, 可進一步通過NextPolish進行polish。 具體 ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
PacBio全基因組測序和組裝

PacBio公司的業務范圍也就5個(官網): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因組測序應該是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
經典:基因組測序數據從頭拼接或組裝算法的原理

基因組測序數據的拼接/組裝 (圖片來源:google) 每一個物種的參考基因組序列(reference genome)的產生都要先通過測序的方法,獲得基因組的測序讀段(reads),然后再進行從頭拼接或組裝(英文名稱為do novo ...

Fri Sep 27 18:30:00 CST 2019 0 515
「三代組裝」使用Pilon對基因組進行polish

對初步組裝進行polish 以FASTA和BAM文件作為輸入,根據比對結果對輸入的參考基因組進行提高,包括 單鹼基差異 小的插入缺失(indels) 較大的插入缺失或者block替換 填充參考序列中的N 找到局部的錯誤組裝 最后輸出polish后的FASTA ...

Mon Sep 23 19:43:00 CST 2019 0 556
組裝三代番木瓜基因組——by Serenity Fang

# 估算測序深度、reads數目、N50等值(自寫perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 統計結果如下: # 基因組組裝三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
二代數據組裝葉綠體基因組

與核基因組相比,細胞器基因組相對來說,更為保守,並且序列較短,更加易於組裝,僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法,僅供參考。 1 數據 本次我使用的二代數據為50X。下機后,首先通過fastq對其進行過濾,改軟件操作較為簡單,僅僅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
組裝之后的三代基因組進行polish

一:利用pilon軟件進行二代數據對三代數據polish 准備數據 : 三代數據組裝好的基因組文件:draft.fa illumina的雙端測序數據經過質控之后的數據:read1_fq.gz read2_fq.gz 比對(bwa) 構建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
基因組組裝評估】轉錄比對率

做完基因組組裝后,通常要評估基因組的質量,目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage,BUSCO,LAI等。轉錄數據比對率也是我們常用的方法,通常可以排除轉錄數據是否存在問題,也方便在后續注釋中排除轉錄數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...

Fri Oct 29 22:27:00 CST 2021 0 873
 
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