原文:【4】腫瘤轉錄組測序分析流程及相關軟件

目錄 基於二代測序的RNA癌症研究方法 基於長讀長測序的轉錄本結構研究 單細胞RNA seq的癌症應用 基於二代測序的RNA癌症研究方法 基於DNA層面的癌症研究:一本字典 基於RNA的癌症研究:從字典種挑取寫一篇日記 RNA特點: 時空特異性:需要控制變量對照組 協同作用,形式多樣:表達量高低 可變剪接 單鹼基突變 融合基因,mRNA lncRNA miRNA ceRNA... 可控可逆, 溫 ...

2020-08-25 09:47 0 699 推薦指數:

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使用RSEM進行轉錄測序的差異表達分析

仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量,則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到,單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...

Mon Feb 22 00:49:00 CST 2021 0 983
空間轉錄測序 概述

空間轉錄測序 概述 在多細胞生物中,單個細胞的基因表達嚴格按特定的時間和空間順序發生,即基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過對不同時間點的樣本取材,使用單細胞轉錄測序技術來解析時間維度上細胞類型和基因表達模式。空間特異性信息則相對較難獲得。常規轉錄測序和單細胞轉錄測序 ...

Mon Jun 28 04:36:00 CST 2021 0 828
三代全長轉錄測序和組裝

這些三代全長轉錄測序相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄測序 三代全長轉錄測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄分析,克服了傳統二代轉錄 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
鏈特異性轉錄測序

鏈特異性轉錄測序 非鏈特異性轉錄測序信息不包含鏈方向的特征信息,對正義和反義轉錄本無法准確判斷,導致無法反映真實的轉錄情況。而鏈特異性轉錄測序(strand-specific RNA seq)可以解決這個問題。鏈特異性建庫的方式是在合成cDNA的第二條鏈時 ...

Fri Oct 19 19:05:00 CST 2018 0 1741
單細胞轉錄測序技術原理

From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因測序轉錄測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因測序目前主要有兩種擴增 ...

Wed Jun 30 17:19:00 CST 2021 0 525
轉錄(三):了解fastq測序數據

通過fastq-dump將sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump用法 默認情況下fastq-dump不對reads進行拆分, 對於很早之前的單端測序沒有出現問題.但是對於雙端測序而言,就會把原本的兩條reads合並成一個,后續分析必然會出錯. 常見的參數有三類 ...

Sun Aug 09 21:00:00 CST 2020 0 996
轉錄測序(RNA-seq)技術

轉錄是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理,已廣泛應 用於基礎研究、臨床診斷和葯物研發等領域。基於 Illumina 高通量測序平台的轉錄測序技術使 能夠在單核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
三代全長轉錄測序

“三代轉錄”是什么?對於混跡在科研領域的一員,如果現在還不了解全長轉錄測序,恐怕都不好意思說自己了解高通量測序了呢! 今天小編總結了一些三代全長轉錄測序相關問題,給大家來一個詳細全面的解釋,希望可以幫到愛學習的您哦! 1.什么是三代全長轉錄測序 三代全長轉錄測序,即利用 ...

Sun May 12 23:22:00 CST 2019 0 539
 
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