注:這些工具的應用都是受限的,有些本來就是只能用於預測動物,在使用之前務必用ground truth數據來測試一些。我想預測某一個植物的轉錄本,所以可以拿已經注釋得比較好的擬南芥來測試一下。(測試的結果還是比較驚人的) CPC (熟悉的名字,原來是北京大學的高歌、魏麗萍開發的) 搜文章時 ...
CPC是由北京大學開發的一款lncRNA預測工具, 只需要輸入fasta格式的轉錄本序列, 該軟件就可以 判斷每條轉錄本的蛋白編碼潛能並進行打分, 根據得分將轉錄本划分為coding和non coding兩類,網址如下 http: cpc .cbi.pku.edu.cn Coding Potential Calculator CPC is a Support Vector Machine bas ...
2020-08-03 08:28 0 855 推薦指數:
注:這些工具的應用都是受限的,有些本來就是只能用於預測動物,在使用之前務必用ground truth數據來測試一些。我想預測某一個植物的轉錄本,所以可以拿已經注釋得比較好的擬南芥來測試一下。(測試的結果還是比較驚人的) CPC (熟悉的名字,原來是北京大學的高歌、魏麗萍開發的) 搜文章時 ...
I-TASSER是一款用於預測蛋白質結構和功能的工具,網站鏈接:https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ 具體描述如下: I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement ...
Swiss-model也是一款預測蛋白質結構模型的工具。網頁地址:https://swissmodel.expasy.org/ 首先,進行常規的注冊后,點擊start modelling 以搜索BRCA1蛋白質為例: 進入NCBI的protein網頁:https ...
oPOSSUM 3.0的介紹 oPOSSUM是一個網頁工具,用來檢測檢測基因或序列中over-presented的保守轉錄因子結合位點和結合位點組合。 網址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 這里由於我們使用 ...
原創 2017-05-08 omicshare.com 基迪奧生物 蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步,二級結構是指α螺旋和β折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對於形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全 ...
轉錄因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因組里很容易出現隨機比對,而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現,說明它的可變性,因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的,因為很難找到一個方法(閾值)來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
目錄 1. 簡介 2. 近幾年發表的主要工具 1.DeepRT 2.Prosit 3. DIANN 4.DeepDIA 1. 簡介 基於串聯質譜的蛋白質組學大部分是依賴於數據庫(database search ...
原文地址:http://wenku.baidu.com/view/8cd8e219a2161479171128f7.html 1.1 定義 預測編碼是數據壓縮理論的一個重要分支。根據離散信號之間存在一定相關性特點,利用前面的一個或多個信號對下一個信號進行預測,然后對實際值和預值的差(預測誤差 ...