oPOSSUM 3.0的介紹
oPOSSUM是一個網頁工具，用來檢測檢測基因或序列中over-presented的保守轉錄因子結合位點和結合位點組合。
網址：http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/
oPOSSUM3.0的使用
這里由於我們使用的是RNA-seq中差異分析的mRNA,所以這里選擇Single-Site Analysis (SSA) 中的Human。
oPOSSUM的分析過程一共分為4步：
1.輸入你要分析的gene set
輸入的gene set支持的格式如下：
- Ensembl Gene ID
- EntrezGene ID
- RefSeq DNA/Protein ID
- EMBL (GenBank) ID
- Protein (GenBank) ID
- Uniprot/TrEMBL Acc.
- Uniprot/SwissProt Acc.
- Unigene ID
一般輸入我們常用的Ensembl Gene ID或者gene symbol即可
2.輸入背景基因，這里一般選擇默認即可
3.選擇轉錄因子結合位點的profiles,這里選擇默認即可
4.選擇轉錄因子結合位點的篩選參數
這里一般選擇默認即可
選擇完之后直接submit,然后等待大約10分鍾就可以得到結果，結果如下：
最后得到的文件用Z-score>=10並且Fisher score >=7來篩選。