miRanda的介紹
miRanda 是由著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的，用於預測 miRNA 與其靶基因互作的結合位點。 miRanda 主要強調 miRNA 與靶基因連接位點的進化保守性，亦偏重於以 miRNA 的5′ 端序列搜索靶基因，並采用 RNAFold 計算熱力學穩定性。
1.miRanda的下載與安裝
1 wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz 2 tar -xzvf miRanda-aug2010.tar.gz 3 cd /path/to/miRanda-3.3a4 ./configure --prefix=/path/to/miRandada-aug2010 #--prefix最好設置為當前文件夾的路徑 5 make install
2.輸入文件的准備
1.獲取人類所有的miRNA的fasta文件hsa_miRNA.fa
進入miRBase的官網http://www.mirbase.org/
然后點擊browse
然后點擊expand all
然后選擇Homo sapiens
然后再select sequence type這里選擇 Mature sequence,接着點擊select all，然后點擊Fetch sequences就能得到人類所有成熟的miRNA的fasta文件了
2.獲取差異的circRNA的fasta文件SFTSV_24vscontrol_circBase.fa
進入circBase的官網http://www.circbase.org/
然后點擊list search
在organism選項選擇Human (hg19),然后輸入circBase的id，就可以得到相關circRNA的fasta文件了
3.miRanda的使用
miranda -sc 150 -en -7 hsa_miRNA.fa SFTSV_24vscontrol_circBase.fa >SFTSV_24vscontrol_circ_ miRNA_targeted_prediction.txt #-sc指定序列比對打分的閾值，小於該閾值的結合位點會被過濾掉;-en指定自由能的閾值，結果必須小於該閾值才可以
從中提取出關鍵信息
grep '>' SFTSV_24vscontrol_circ_miRNA_targeted_prediction.txt >SFTSV_24vscontrol_circ_miRNA_targeted_prediction_v1.txt
最后得到的文件即為circRNA有可能結合的靶miRNA,最后將結果輸入cytoscape畫ceRNA網絡圖。