什么是轉錄因子？
什么是轉錄因子？ 轉錄因子 轉錄因子基本介紹 什么是轉錄因子？ 轉錄因子（Transcriptionfactor，TF)是一個能與特異DNA序列結合的蛋白,可以單獨或與其他蛋白形成復合體，提高或阻斷特性基因對RNA聚合酶的招募,調控着基因的表達。轉錄 ...
原文：轉錄因子預測-oPOSSUM 3.0的使用教程
oPOSSUM . 的介紹 oPOSSUM是一個網頁工具，用來檢測檢測基因或序列中over presented的保守轉錄因子結合位點和結合位點組合。 網址：http: opossum.cisreg.ca oPOSSUM oPOSSUM . 的使用 這里由於我們使用的是RNA seq中差異分析的mRNA,所以這里選擇Single Site Analysis SSA 中的Human。 oPOSSUM的 ...
2019-12-30 16:53 0 1106 推薦指數：
相關推薦
HOMER | MEME | 轉錄因子的靶基因預測 | motif富集分析
轉錄因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因組里很容易出現隨機比對，而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現，說明它的可變性，因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的，因為很難找到一個方法（閾值）來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
轉錄因子 | transcription factor | 從入門到精通
研究可以做得很淺，查查genecard數據庫，從數據庫里找找motif，用工具跑跑target gene，構建一下基因調控網絡GRN。 研究也可以做得很深，了解一個物種里面有哪些transcription factor families，這些轉錄因子各自是如何發揮作用的，這些家族是如何歸類 ...
CPC:轉錄本蛋白編碼潛能預測工具
CPC是由北京大學開發的一款lncRNA預測工具， 只需要輸入fasta格式的轉錄本序列， 該軟件就可以 判斷每條轉錄本的蛋白編碼潛能並進行打分， 根據得分將轉錄本划分 ...
轉錄因子相關性網絡 | TF network analysis
生物信息里面有幾種典型的network： PPI，就是蛋白互做的網絡，直接可以從STRING數據庫下載； TF correlation network，就是根據轉錄組的數據來構建相關性； TF target network，SCENIC等就是做這個的； 自己構思 ...
如何在網上查某個基因的轉錄因子及啟動子
ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:http://genome.imim.es/datasets/abs ...
聯合使用PrediXcan、MetaXcan基於GWAS結果預測靶基因及特異性組織的表達（又名全轉錄組分析Transcriptome-Wide AnalysisS）
PrediXcan , SPrediXcan，MetaXcan是近些年基於GWAS后續分析開發出來的工具。 主要功能是在組織和表達的層面預測影響表型的基因，彌補了GWAS只能在基因組層面解釋表型的不足。 下面是這幾個工具的工作流程： 今天給大家介紹一下如何使用SPrediXcan ...
(史上最全)SNP位點與轉錄因子結合特異性數據庫：GVATdb
眾所周知，全基因組關聯分析（GWAS）發現的很多變異位點基本為非編碼，這些變異位點1）要么調控基因表達（eQTL）; 2）要么影響增強子活性; 3)要么影響轉錄因子（TF）結合特異性; 4)要么啥也不是。 針對以上四種情況： 1）是否調控基因表達（eQTL）可通過GTEx（https ...