研究可以做得很淺，查查genecard數據庫，從數據庫里找找motif，用工具跑跑target gene，構建一下基因調控網絡GRN。
研究也可以做得很深，了解一個物種里面有哪些transcription factor families，這些轉錄因子各自是如何發揮作用的，這些家族是如何歸類的，各自有什么特性。
TRANSCRIPTION FACTORS: Structural Families and Principles of DNA Recognition【非常古老的綜述1992年，也非常有意思，涉及了TF binding的本質，而不是浮在表面】
Arabidopsis Transcription Factors: Genome-Wide Comparative Analysis Among Eukaryotes
The Human Transcription Factors 【Cell重磅綜述：關於人類轉錄因子，你想知道的都在這】
轉錄因子水基金、水paper的套路【我無意之中掌握了這些技能，這里才發現別人都在這么做】：
核心思路：通過共表達篩選candidate target genes，多重驗證，然后通過promoter的TF motif binding來找到更可信的直接target genes，然后通過實驗驗證，一篇小項目就完成了。
完整的paper案例看這里：
更細致的調控網路分析：
Plant Physiol. | 高效全面挖掘轉錄因子調控網絡的新策略
更深入的機制：
DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their 552 binding specificity 【Nature丨轉錄因子結合核小體的五種方式（全景圖）】
總而言之，DNA打包到核小體上，會使轉錄因子更難接近DNA。而這項研究向我們展示了轉錄因子在困難面前，通過其他多種形式接近核小體上的DNA，獲取基因組中的重要信息，控制細胞活動。這項發現給我們展現了轉錄因子和核小體相互作用的全景圖，幫助我們去理解高等生命中DNA的解碼過程，也為之后在生化水平理解轉錄調控奠定了基礎。此外，很多人類疾病如癌症往往和轉錄因子的異常活性相關，所以這些發現也能幫助我們去更好地理解人類疾病的發生機制
DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors
基本概念：
double-helical DNA
- helix-turn-helix proteins
- homeodomains
- zinc finger
- steroid receptor
- leucine zipper proteins
- helix-loop-helix proteins
- metal-binding DNA-binding proteins
- β3-sheet DNA-binding proteins
分子生物學是學了好幾遍，但現在只是勉強知道轉錄因子是結合到位於基因上游啟動子序列的蛋白，其他的就什么都不知道。
文章看少了，教材看少了。
轉錄因子
反式作用因子
TATA box
啟動子
順式作用元件：如增強字、沉默子
對轉錄層面的東西了解得太少了。
基因表達豐度和基因豐度
基因表達的豐度是指基因轉錄成mRNA的數量。
基因豐度是指基因組中該基因的拷貝數量。
基因豐度高，即這個基因的數量多，那么可能這個基因的表達量也會多，但是不一定，主要還是要看該基因的啟動子強弱。所以基因豐度高不代表表達豐度也高。
基因表達豐度高是指該基因轉錄成mRNA多，那么表達的蛋白也多，對於表型的影響就大。
反式作用因子
順式作用元件
待續~