宏蛋白質組數據分析相對較難,不同於常規蛋白質組分析,因為數據庫太大,無法直接進行搜庫匹配,需要對數據庫進行優化。整理了幾個發表的宏蛋白搜庫分析工具。具體效果如何,還需要測試。 1.ProteoStorm 發表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...
目錄 一 iMetaLab簡介 二 內置工具與模塊 . Data Processing module . Functional Analysis . R Developing environment . R based data analysis packages . Web development libraries and frameworks 三 報告內容 . 譜圖肽段ID統計 . 肽段鑒 ...
2020-05-13 15:23 0 735 推薦指數:
宏蛋白質組數據分析相對較難,不同於常規蛋白質組分析,因為數據庫太大,無法直接進行搜庫匹配,需要對數據庫進行優化。整理了幾個發表的宏蛋白搜庫分析工具。具體效果如何,還需要測試。 1.ProteoStorm 發表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...
當前,關於高通量蛋白質組學的研究遠不如NGS這般火熱,網上關於這方面的知識也寥寥無幾,從事這一行也有一段時間了,但還沒好好總結過。加之過段時間可能要去做培訓,所以是時候把知識點總結一下,權當復習。當然整個蛋白質組學研究也算紛繁復雜,不可能面面俱到,而且很多東西我也在學習當中,肯定會出現不少紕漏 ...
1. 實驗設計與技術路線 (1) 常用流程 流程 說明 1.材料收集 細胞、細胞上清、組織、血漿、血清、腦脊液、外泌體、尿液...... 2.定量技術 蛋白組:iTRAQ/TMT ...
缺失值填充在數據分析領域的預處理過程繞不過去的一個坎,蛋白質組學也不例外,簡單記錄下,可能有些地方有其特殊之處。 分析缺失值來源:完全隨機缺失(MCAR,如質譜儀抖動,對數據影響無偏好性,均一分布),隨機缺失(MAR,依賴於其他觀測變量,如時間梯度越長采集越可能出現缺失值),非隨機缺失 ...
前言 之前本來打算根據自己對蛋白質組學數據分析的經驗和理解寫一系列相關教程出來供復習參考,沒想到在網上查到別人已經做過了,而且筆記相當全面,從樣本處理到質譜儀原理再到數據分析等等都有提及,雖然是2016-2017年的課程,但內容並未過時,對我自己也大有益處。雖然其中一些內容有重復,但我也不想 ...
目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的,2008年初次發表JPR,2014年升級發表NC,免費開源,持續更新維護,良心軟件。而且,有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...
目錄 1.簡介 2.安裝與配置 3.分析流程 4.結果 1.簡介 PD全稱Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商業Windows軟件,沒錯,收費,還不菲。而且主要也是針對他們家的obitrap產出數據 ...
目錄 1.簡介 2.下載安裝 3.配置與運行 4.結果 5.Perseus后處理 6.小結 1.簡介 2016年,德國馬普所的Cox和蛋白質組學領域巨擘Matthias Mann合作開發了MaxQuant軟件(MQ),並發表在nbt ...