前言
之前本來打算根據自己對蛋白質組學數據分析的經驗和理解寫一系列相關教程出來供復習參考，沒想到在網上查到別人已經做過了，而且筆記相當全面，從樣本處理到質譜儀原理再到數據分析等等都有提及，雖然是2016-2017年的課程，但內容並未過時，對我自己也大有益處。雖然其中一些內容有重復，但我也不想再進行整理了。因為筆記鏈接只有微信稿，擔心后期會失效，所以這里只是簡單地拷貝過來，以供復習之用。
筆記匯總
1. 蛋白質組學研究方法概述（上）
1. 蛋白質組學研究方法概述（下）
2. 蛋白質組學樣品前處理（1）
2. 蛋白質組學樣品前處理（2）
2. 蛋白質組學樣品前處理（3）
2. 蛋白質組學樣品前處理（4）
3. 蛋白質譜的原理及使用（1）
3. 蛋白質譜的原理及使用（2）
3. 蛋白質譜的原理及使用（3）
3. 蛋白質譜的原理及使用（4）
4. 蛋白質組學數據分析基礎（1）
4. 蛋白質組學數據分析基礎（2）
4. 蛋白質組學數據分析基礎（3）
課程介紹
1.授課教師
庫鑫
博士，2007年畢業於華中科技大學同濟醫學院，獲學士學位。同年9月被保送至中科院上海葯物研究所並於2010年取得碩士學位。2010年10月至2014年6月在德國慕尼黑工業大學（Technische Universität München）生物分析與蛋白質組學研究所（Prof. Bernhard Kuster）攻讀博士學位，專業方向為基於串聯質譜的蛋白質組學在腫瘤葯物研究中的應用。庫鑫在博士期間發展了基於定量質譜的化學蛋白組學方法用於近生理條件下激酶小分子葯物脫靶效應的研究，相關結果發表於J Prot Res, J Prot等雜志上。現任職於上海交通大學系統生物醫學研究院，研究方向：腫瘤相關生物標志物的發現和蛋白質糖基化修飾的研究。
劉曉慧
博士，高級工程師，復旦大學化學系/生物醫學研究院 。 蛋白質組學與系統生物學實驗室，2003年畢業於湖南師范大學 獲理學學士學位，2006年畢業於湖南師范大學 獲生物化學與分子生物學碩士學位，2014年畢業於復旦大學，獲化學生物學博士學位。2006年至今，工作於復旦大學化學系，從事基於生物質譜的蛋白質和多肽定量方法的應用和開發，熟悉iTRAQ,MRM,MRM-HR,SWATH等相關技術，參與發表相關論文30余篇。
李溱
博士，副教授。中國農業大學生物學院，植物生理學與生物化學國家重點實驗室，中國農業大學“985”功能基因組中心生物質譜實驗室。李博士1999年畢業於北京師范大學，獲得理學學士學位，2007年畢業於美國德克薩斯州Texas A&M大學，獲得博士學位。2008年-2009年在University of Illinois at Urbana-Champaign從事博士后研究，2011年至今，就職於中國農業大學生物學院，負責生物質譜實驗室日常運行，對外提供蛋白質組學和代謝組學技術服務，開展基於高分辨質譜技術的植物代謝組學和蛋白質組學研究工作。
廖日晶
博士，副研究員。2006.9-2011.7於中科院上海有機化學研究所碩博連讀，研究方向為天然產物抗生素的生物合成機制，2011.8-2015.5於諾華（中國）生物醫學研究所從事博士后研究，研究方向為運用生物質譜技術開發組蛋白后修飾的新型分析方法學。2015年6月至今任中科院上海臨床研究中心副研究員，從事生物質譜技術在基礎以及臨床科研方面的運用和開發新型分析方法學的研究。在攻讀博士與博士后期間，以第一作者身份在美國化學會志（JACS IF: 13.0）、分析化學（Analytical Chemistry IF: 5.9）、化學和生物學（Chemistry & Biology IF: 6.6)等重要刊物上發表多篇論文。
沈誠頻
博士，2005年畢業於復旦大學化學系，獲得理學學士學位；同年保送至復旦大學生物醫學研究院攻讀博士學位，師從復旦大學生物醫學研究院常務副院長楊芃原教授，2011年獲得理學博士學位，攻讀博士學位期間，作為訪問學者於2009年-2011年前往美國麻省理工大學生物工程系交流學習。主要開展的工作包括：人肝蛋白質組學，蛋白質組學信息學，糖蛋白質組學。於2011年作為應用科學家加盟康昱盛信息科技有限公司生物信息學部，並於2013年聘為公司高級應用科學家及生物信息學部主管，主要負責蛋白質組學及生物通路分析軟件和方法的技術支持及方案咨詢。
唐家澍
博士，2006年畢業於南京大學理科強化部，生物化學專業，獲得學士學位。2013年畢業於中科院上海生化所，師從曾嶸研究員，主要從事蛋白質組學技術和應用研究。隨后在中科院上海生科院系統生物學重點實驗室進行了為期兩年的博士后訓練，主要從事系統生物學和基於分子生物學的功能研究。從2016年1月開始，在賽默飛世爾科技色譜質譜事業部擔任應用工程師，主要擅長磷酸化蛋白質組學技術，定量蛋白質組學技術以及質譜數據的生物統計學和生物信息學分析。
吳澤明
賽默飛質譜代謝組學業務發展經理，2012年畢業於中科院大連化物所，同年加入Thermo,先后任Chemist、Application Scientist與北區技術負責人等職。近10年來一直從事和密切介入基於質譜技術的代謝組學、脂質組學相關研究，在PNAS、MOL BIOSYST等雜志發表論文多篇。現專注致力於質譜與各種分離技術在Metabolomics/Lipidomics及其在疾病、生物功能與食品組學等方向的應用方法開發、技術支持和科學項目合作。
張偉
博士，賽默飛轉化醫學業務發展經理，在Chem. Comm., Anal. Chem., J. Proteome Res., Proteomics, J.Proteomics等知名雜志上發表論文14篇，其中第一作者10篇。2012年畢業於復旦大學生物醫學研究院，獲博士學位；2012年加入賽默飛公司，從事生物質譜與蛋白質組學領域的研究、技術開發、市場開拓工作。
周岳
畢業於中國科學院生物物理研究所，致力於蛋白質組學，生物制葯的應用開發，技術支持和科學研究工作。在生物質譜蛋白定性分析，翻譯后修飾以及蛋白定量方面有豐富的經驗，參與完成多篇高水平文章的質譜工作。在賽默飛世爾科技擔任質譜應用工程師期間，優化了QE系列產品，fusion系列產品在蛋白質組學應用中的質譜參數，並在Orbitrap用戶中進行推廣。建立了基於QE,Fusion的DIA數據采集以及數據分析流程，實現了7500個蛋白的DIA定量分析。
2.課程表
