Augustus 進行基因注釋
目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論，通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練，從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構，在這方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq數據作為先驗模型進行預測 ...
原文：基因注釋
注釋過程：這一步一般都需要手動去鑒定和校正，當然也可以利用一些軟件來校正，運用這類過程的軟件JIGSAW EVidenceModeler EVM 和 GLEAN 以及后續軟件Evigan 。 通過估計每一個來源的基因證據誤差的類型和頻率, 進而選擇誤差最小的結果 maker 在基因組注釋上，MAKER算是一個很強大的分析流程。能夠識別重復序列，將EST和蛋白序列比對到基因組，進行從頭預測，並在最 ...
2020-04-07 11:25 0 991 推薦指數：
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