原文:全基因組測序及數據分析基礎

華大的春季培訓課程之一:https: ke.qq.com course taid ,我認為講得很好,介紹全面而詳細,加了一些個人經驗 侵刪 。 流程眾多,對於結果會有一些差異,尤其是對低頻變異。如果很關注低頻位點,可多種幾款流程比較。 實際上SV結果中會包含CNV,但往往會把CNV單獨拿出來分析。 注:SOAPnuke的f和r參數不要寫反,即正反鏈。 紅框:群call步驟。 二代短reads對於S ...

2020-03-28 23:49 0 908 推薦指數:

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基因組測序WGS數據分析——1.DNA測序技術》學習筆記

WGS(Whole Genome Sequencing) 指將物種細胞里面完整的基因組序列全部DNA,檢測並排列,此技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變。 對於人類來說,基因組測序的價值是極大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之間的內在關聯性,當然也意味着更大的數據解讀 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
基因組測序WGS數據分析——1.DNA測序技術》學習筆記WGS

WGS(Whole Genome Sequencing) 指將物種細胞里面完整的基因組序列全部DNA,檢測並排列,此技術幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變。 對於人類來說,基因組測序的價值是極大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之間的內在關聯性,當然也意味着更大的數據解讀 ...

Fri Jul 02 02:01:00 CST 2021 0 204
【3】腫瘤基因組數據分析方法概述

目錄 腫瘤基因組分析 腫瘤標准分析 高級分析 腫瘤數據庫 腫瘤基因組分析 腫瘤進化過程 基本概念:germline/somatic/driver/passenger mutation 二次打擊學說:生殖突變+體細胞突變 主要 ...

Tue Aug 25 17:46:00 CST 2020 0 948
基因組數據分析原始數據到變異數據(Fastq->VCF)

WGS數據分析目的:檢測出每個樣本基因組中的變異集合(不同樣本中的差異序列)WGS數據分析流程分為三步:原始數據質控 -> 數據預處理 -> 變異檢測1.原始數據質控階段:拿到原始測序數據 -> QC過濾低質量的read數據2.數據預處理階段:read比對 -> sort ...

Sat May 30 06:20:00 CST 2020 0 771
基因組測序基礎及高級分析知識匯總

基因組測序基礎及高級分析知識匯總 oddxix 已關注 2018.09.20 17:04 字數 11355 閱讀 212評論 0喜歡 6 轉自:http://www.360doc.com/content/18/0208/11 ...

Sat Oct 20 03:46:00 CST 2018 0 3378
一個基因組測序分析實戰

Original 2017-06-08 曾健明 生信技能樹 這里選取的是 GATK best practice 是目前認可度最高的基因組測序分析流程,尤其適用於 人類研究。 PS:其實本文應該屬於直播我的基因組系列,有兩個原因把它單獨拿出來 ...

Sun Jul 02 07:49:00 CST 2017 0 10268
PacBio基因組測序和組裝

PacBio公司的業務范圍也就5個(官網): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中基因組測序應該是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
基因組測序分析

基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
 
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