原文:miRNA預測工具miRDeep-P2

之前講過預測植物miRNA的一款軟件miR PREFER, 今天在介紹一款軟件miRDeep p , 也叫miRDP 安裝 在此之前,應安裝一下軟件 Bowite, Bowtie , Vienna RNA二級結構預測軟件大禮包 安裝以上軟件以后,在mirdp 下載最新版的miRDP ,以及ncRNA rfam.tar.g tar xf miRDP v . . .tar mv . . miRDP v ...

2020-02-17 16:28 2 1550 推薦指數:

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5、預測和鑒定miRNA的靶基因

轉載:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自從被發現以來,一直備受關注 ...

Tue Sep 12 19:50:00 CST 2017 0 8802
miRNA結合位點預測軟件miRanda的使用教程

miRanda的介紹 miRanda 是由著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的,用於預測 miRNA 與其靶基因互作的結合位點。 miRanda 主要強調 miRNA 與靶基因連接位點的進化保守性,亦偏重於以 miRNA 的5′ 端序列搜索靶基因 ...

Wed Dec 18 06:45:00 CST 2019 2 11999
miRNA結合位點預測軟件RNAhybrid的使用教程

RNAhybrid的介紹 RNAhybrid是Behmsmeier M等基於miRNA和靶基因二聚體二級結構開發的miRNA靶基因預測軟件。RNAhybrid預測算法禁止分子內、miRNA分子間及靶基因間形成二聚體,根據miRNA和靶基因間結合能探測最佳的靶位點。盡管隨着靶基因序列長度增加,運算 ...

Mon Dec 30 00:25:00 CST 2019 0 7070
miRNA 綜述文章

最近由於看基因組文章看的有點興奮,於是返了個場,學習下micRNA。 下載了一篇自己捯飭的paper,啃了很久還是不是很明白,然后我突然看了一個單詞,vivo,原來只以為vivo就是手機只能照亮你的 ...

Wed Jan 18 23:54:00 CST 2017 0 1570
miRDeep2 學習及安裝篇

一、mirDeep2安裝 下載和解壓 wget http://mdc.helmholtz.de/38350089/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements ...

Tue Mar 11 21:03:00 CST 2014 1 4616
miRNA分析--數據過濾(一)

miRNA 數據過濾我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含 ...

Sun Jan 05 04:32:00 CST 2020 0 707
miRNA分析--比對(二)

miRNA分析--數據過濾(一) 在比對之前為了減少比對時間,將每一個樣本中的reads進行合並,得到fasta格式,其命名規則如下: 樣本_r數子_x數字 r 中的數字表示reads序號; x 中的數字表示該條reads重復次數 比對分為兩條策略 1、根據本物種已有 ...

Sun Jan 05 05:38:00 CST 2020 1 2159
 
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