依據SNP染色體和位置信息批量轉換rs編號
如果只有SNP的染色體和物理位置信息，該如何批量轉換得到 rs ID？ 思路非常簡單，只需要下載 dbSNP 的參考文件，根據位置信息從參考文件中獲取對應的 rs 編號即可。 下面列舉兩個例子。 重命名 PLINK 文件 SNP 名字 第一個例子是 PLINK 格式的文件，要把 ...
原文：SNPEFF提取vcf指定的染色體和位置（position）, SNP位點
cat snpeff.vcf java jar SnpSift.jar filter POS gt amp POS lt amp CHROM chr gt spe snpeff.vcf 提取一號染色體上位置為 范圍的位點 cat variants.vcf java jar SnpSift.jar filter set my rs.txt ID in SET gt filtered.vcf my r ...
2019-09-10 09:34 0 634 推薦指數：
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