amber中pdb4amber簡單用法
以如下命令舉例： 命令中： -i 代表pdb輸入 -o 代表pdb輸出 -d 代表dry，去除所有水 -s 代表去掉以ATOMMASK為標准的原子，這里去掉了Cl-和Na+ ...
原文：amber初學……
以下是分子動力學模擬的一般性步驟, 具體的步驟和過程依賴於你研究的體系和所用的軟件, 但這並不影響我們把它當作一個入門指南. . 評估體系首先需要對我們要進行模擬的體系做一個簡單的評估, 有三個問題是我們必須要明確的: . 選擇工具選擇合適的模擬工具, 大前提是它能夠實現你所感興趣的目標. 這需要你非常廣泛謹慎地查閱文獻, 看看別人用這些工具都做了些什么, 有沒有和你的研究體系類似的, 相關的研究 ...
2019-07-12 11:12 0 694 推薦指數：
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