前面已經講解了: 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 單細胞分析實錄(4): doublet檢測 單細胞分析實錄(5): Seurat標准流程 單細胞 ...
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2019-03-14 20:13 0 814 推薦指數:
前面已經講解了: 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 單細胞分析實錄(4): doublet檢測 單細胞分析實錄(5): Seurat標准流程 單細胞 ...
一、單細胞測序簡介 單細胞測序技術(single cell sequencing)是指在單個細胞水平上,對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術,它能夠彌補傳統高通量測序的局限性,揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態,反映細胞間的異質性。 我們經常看到的scRNA-seq ...
三、單細胞測序原理 今天主要介紹單細胞測序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前單細胞測序的兩大主流平台,所以今天的單細胞測序原理介紹也是基於這兩個平台的。 (1)10X Genomics單細胞測序原理 上圖是10X單細胞測序的原理圖。首先要 ...
單細胞測序的知識 劉小澤 已關注 2018.07.20 21:33* 字數 1885 閱讀 675評論 0喜歡 7 劉小澤寫於18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...
之前寫過一篇細胞類型注釋的推文:單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋,里面介紹了細胞類型注釋的兩種思路。在談到自動注釋時,我們基本都會用SingleR這個軟件,類似的軟件還有很多,原理上可能五花八門,但表現不一定有SingleR好。很多軟件在做注釋時會基於某個細胞和參考細胞表達譜 ...
Seurat是一個老牌的單細胞分析工具了(satija的力作),我之前測試過,但是沒怎么用。 最近發現這個工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下這篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across ...
第12周學校開展“師徒共上一節課”活動,我們選的課題是《單細胞生物》,本節內容是在學習了植物細胞的結構、動物細胞結構及細胞生活的基礎上,讓學生知道生物體有多細胞的動物體和植物體以外,告訴學生生物體也有單細胞的,它們沒有復雜的結構,是否與多細胞生物體一樣,能夠獨立完成各項生命活動呢?因此,第四節 ...
單細胞測序技術是指在單個細胞水平上對轉錄組或基因組進行擴增並測序,以檢測單細胞在基因組(結構變異-Structural Variations-SVs;拷貝數變異-Copy number variants-CNVs;單核苷酸變異-Single nucleotide variants-SNVs ...