注:該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版,輸入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...
.統計大於號開始的行數或seqkit 工具 Total sequence length , , , Total ungapped length , , , Number of contigs , , Contig N , Contig L , Total number of chromosomes and plasmids Number of component sequences WGS or ...
2019-02-22 21:30 0 678 推薦指數:
注:該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版,輸入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...
同樣的名為read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...
一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互補序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互補序列 seqkit seq test.fa -r -p > ...
該軟件對於處理FASTA/Q十分方便,省去自己編寫腳本 安裝 使用 序列操作(seq) Fasta/q之間以及與tab格式互換 序列信息統計 ...
該軟件功能強大,兼容所有系統。 網站:http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下載,解壓,安裝seqkit軟件,下載二進制文件較好。 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > ...
samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件,根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件, 能夠快速的提取任意區域的序列 用法: samtools faidx input.fa 該命令對輸入的fasta序列有一定要求:對於每條序列,除了最后一行 ...
今天運行tophat2的時候看到下面這條記錄: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database ...
第一次寫博客,分享一個做的提取基因序列的程序,根據bed文件里的位置信息從基因組里提取序列 源碼地址:https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用來保存注釋基因信息,BED文件必須的3列 ...