原文:41、OrthoMCL和mcl軟件進行基因家族分析

轉載:http: www.realbio.cn news .html https: blog.csdn.net seallama article details http: www.cnblogs.com huangying p .html . 數據庫的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql賬戶並建立相應的數據庫。關於mysql用戶的創建我們不在此進行介紹,我們以已經建立好的賬戶 賬戶 ...

2018-12-16 12:51 0 2258 推薦指數:

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OrthoMCL及orthofinder 兩種軟件進行聚類分析

OrthoMCL介紹 1. OrthoMCL的用途 基於序列的相似性,OrthoMCL能將一組proteins(比如全基因組的proteins)歸類到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。 2. ...

Fri May 15 02:54:00 CST 2020 0 1640
基因家族分析之同源基因的尋找

Blast進行同源基因的尋找 參考博客: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基於蛋白的比對結果,尋找某一個蛋白家族的同源基因,使用如下的參數 ...

Fri Mar 06 18:00:00 CST 2020 0 1423
基因家族成員鑒定

基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后(比如:NBS,MADS-box etc.),下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列; genome.fa 所研究物種蛋白序列;pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族 ...

Sun Jan 31 21:53:00 CST 2021 0 760
基因家族收縮和擴張分析 & Selective loss pathway & 泛基因

套路 這通常就是基因組組裝后的必做分析,通過比較基因組學的手段進行分析,可以知道所研究物種在進化過程中哪些核心基因家族發生了變化,從而導致了其特殊的適應性機制的形成。 參考: Extremotolerant tardigrade genome and improved ...

Tue Jan 17 21:07:00 CST 2017 0 4354
如何利用HMMER鑒定基因家族成員

通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員,首先是比對序列,再次是需要目標物種的蛋白序列,來進行比對,通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。 1 、利用軟件HMMER進行模型搜索,軟件官網:http ...

Thu Dec 19 05:50:00 CST 2019 0 3339
實戰--利用HierarchicalClustering 進行基因表達聚類分析

利用建立分級樹對酵母基因表達數據進行聚類分析 一、原理 根據基因表達數據,得出距離矩陣   ↓ 最初,每個點都是一個集合 每次選取距離最小的兩個集合,將他們合並,然后更新這個新集合與其它點的距離 新集合與別的集合距離的計算方法 ①兩個集合之間的最短 ...

Sun Nov 18 22:16:00 CST 2018 0 1254
[GSEAPY] 在Python里進行基因集富集分析

前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...

Tue Dec 28 02:21:00 CST 2021 0 2524
 
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