OrthoMCL介紹 1. OrthoMCL的用途 基於序列的相似性,OrthoMCL能將一組proteins(比如全基因組的proteins)歸類到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。 2. ...
轉載:http: www.realbio.cn news .html https: blog.csdn.net seallama article details http: www.cnblogs.com huangying p .html . 數據庫的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql賬戶並建立相應的數據庫。關於mysql用戶的創建我們不在此進行介紹,我們以已經建立好的賬戶 賬戶 ...
2018-12-16 12:51 0 2258 推薦指數:
OrthoMCL介紹 1. OrthoMCL的用途 基於序列的相似性,OrthoMCL能將一組proteins(比如全基因組的proteins)歸類到ortholog groups、in-paralogs groups和co-orthologs。 2. ...
Blast進行同源基因的尋找 參考博客: http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849 https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/ 基於蛋白的比對結果,尋找某一個蛋白家族的同源基因,使用如下的參數 ...
,這一套下來,基本的基因分析軟件都安裝好了。 包括兩兩比對軟件:blast,diamond。# ...
就基因家族工作做一簡單介紹 基本思路 數據准備 確定好研究的基因家族后(比如:NBS,MADS-box etc.),下面就可以下載相關數據。 所研究物種的基因組序列; genome.fa 所研究物種蛋白序列;pep.fa 所研究物種gff文件 目標基因家族 ...
套路 這通常就是基因組組裝后的必做分析,通過比較基因組學的手段進行分析,可以知道所研究物種在進化過程中哪些核心基因家族發生了變化,從而導致了其特殊的適應性機制的形成。 參考: Extremotolerant tardigrade genome and improved ...
通常我們用的都是通過blast比對來確定我們需要的家族成員,首先是比對序列,再次是需要目標物種的蛋白序列,來進行比對,通常比對的時候我們都需要設定e-value值。今天我們來學習一下利用HMMER來鑒定基因家族成員。 1 、利用軟件HMMER進行模型搜索,軟件官網:http ...
利用建立分級樹對酵母基因表達數據進行聚類分析 一、原理 根據基因表達數據,得出距離矩陣 ↓ 最初,每個點都是一個集合 每次選取距離最小的兩個集合,將他們合並,然后更新這個新集合與其它點的距離 新集合與別的集合距離的計算方法 ①兩個集合之間的最短 ...
前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...