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簡單使用DESeq EdgeR做差異分析 Posted:五月 , Under:TranscriptomicsBy Kaino Comments DESeq 和EdgeR都可用於做基因差異表達分析,主要也是用於RNA Seq數據,同樣也可以處理類似的ChIP Seq,shRNA以及質譜數據。 這兩個都屬於R包,其相同點在於都是對count data數據進行處理,都是基於負二項分布模型。因此會發現,用 ...
2018-11-09 21:33 0 4084 推薦指數:
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是為什么這兩個包算出來的結果直接是logfoldchange . deseq2 包計算差異使用的是r ...
簡單使用limma做差異分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要說明的是,limma是一個非常全面的用於分析芯片以及RNA-Seq的差異分析,按照其文章所說: limma ...
edgeR的介紹 背景 RNA-seq表達譜與生物復制的差異表達分析。 實現一系列基於負二項分布的統計方法,包括經驗貝葉斯估計,精確檢驗,廣義線性模型和准似然檢驗。 與RNA-seq一樣,它可用於產生計數的其他類型基因組數據的差異信號分析,包括ChIP-seq,Bisulfite-seq ...
在安裝‘DESeq2’這個包的最后出現上面的錯誤。可以看出是‘Biobase’這個包有問題。重新安裝此包后,再一次安裝‘DESeq2’,安裝成功。 library('DESeq2')出現下面問題: 缺少GenomeInfoDb包,繼續安裝 ...
安裝R包(“RcppArmadillo”)失敗,導致依賴該包的DESeq2 無法使用; 首先對gcc,g++升級至4.7, 但依然報錯,還是安裝不了RcppArmadillo; 報錯如下: $ R > source("https://bioconductor.org ...
被認為是差異基因,標記為紅色 2) count 圖 (單個基因在不同組 ...
edgeR包是進行RNA-seq數據分析非常常用的一個R包。該包需要輸入每個基因關於每個樣本的reads數的數據,每行對應一個基因,每一列對應一個樣本。 安裝edgeR 先啟動R,然后運行下面代碼:if (!requireNamespace("BiocManager", quietly ...