原文:簡單使用DESeq2/EdgeR做差異分析

簡單使用DESeq EdgeR做差異分析 Posted:五月 , Under:TranscriptomicsBy Kaino Comments DESeq 和EdgeR都可用於做基因差異表達分析,主要也是用於RNA Seq數據,同樣也可以處理類似的ChIP Seq,shRNA以及質譜數據。 這兩個都屬於R包,其相同點在於都是對count data數據進行處理,都是基於負二項分布模型。因此會發現,用 ...

2018-11-09 21:33 0 4084 推薦指數:

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簡單使用limma差異分析

簡單使用limma差異分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要說明的是,limma是一個非常全面的用於分析芯片以及RNA-Seq的差異分析,按照其文章所說: limma ...

Sat Nov 10 05:34:00 CST 2018 0 713
edgeR之配對檢驗分析差異基因的使用教程

edgeR的介紹 背景 RNA-seq表達譜與生物復制的差異表達分析。 實現一系列基於負二項分布的統計方法,包括經驗貝葉斯估計,精確檢驗,廣義線性模型和准似然檢驗。 與RNA-seq一樣,它可用於產生計數的其他類型基因組數據的差異信號分析,包括ChIP-seq,Bisulfite-seq ...

Wed Dec 18 21:50:00 CST 2019 0 803
Error in library(DESeq2) : 不存在叫‘DESeq2’這個名字的程輯包

在安裝‘DESeq2’這個包的最后出現上面的錯誤。可以看出是‘Biobase’這個包有問題。重新安裝此包后,再一次安裝‘DESeq2’,安裝成功。 library('DESeq2')出現下面問題: 缺少GenomeInfoDb包,繼續安裝 ...

Wed Dec 06 22:44:00 CST 2017 1 7426
DESeq2 install --- 如何安裝R包("RcppArmadillo")?

安裝R包(“RcppArmadillo”)失敗,導致依賴該包的DESeq2 無法使用; 首先對gcc,g++升級至4.7, 但依然報錯,還是安裝不了RcppArmadillo; 報錯如下: $ R > source("https://bioconductor.org ...

Thu Feb 16 21:15:00 CST 2017 0 2410
Deseq2 的可視化策略匯總

被認為是差異基因,標記為紅色 2) count 圖 (單個基因在不同組 ...

Thu Feb 22 19:21:00 CST 2018 0 3449
edgeR使用

edgeR包是進行RNA-seq數據分析非常常用的一個R包。該包需要輸入每個基因關於每個樣本的reads數的數據,每行對應一個基因,每一列對應一個樣本。 安裝edgeR 先啟動R,然后運行下面代碼:if (!requireNamespace("BiocManager", quietly ...

Mon Jun 14 06:25:00 CST 2021 0 1091
 
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