這些三代全長轉錄組測序的相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二代轉錄 ...
轉錄組的組裝Stingtie和Cufflinks Posted:十月 , Under:TranscriptomicsBy Kaino Comments 首先這兩款軟件都是用於基於參考基因組的轉錄組組裝,當然也可用於轉錄本的定量。前者於 年的 protocol上發表的轉錄組流程HISAT, StringTie and Ballgown后被廣泛使用,后者則是老牌的RNA分析軟件了。在算法上來說Stri ...
2018-11-09 21:13 0 1137 推薦指數:
這些三代全長轉錄組測序的相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二代轉錄 ...
做完基因組組裝后,通常要評估基因組的質量,目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage,BUSCO,LAI等。轉錄組數據比對率也是我們常用的方法,通常可以排除轉錄組數據是否存在問題,也方便在后續注釋中排除轉錄組數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...
StringTie是約翰·霍普金斯大學計算機生物中心開發的一款轉錄組組裝軟件,在組裝轉錄本的完整度,精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有參考基因組轉錄組主流的組裝軟件。 軟件的下載 StringTie 使用說明:新版本更新之后去掉了一些參數 ...
任務列表 比對軟件 hisat2的用法 下載index文件 比對、排序、索引 質量控制 載入IGV,截圖幾個基因 hisat2的用法 本作業是比對到基因組,所以使用gapped or splices mapper,此流程已經更新 ...
空間轉錄組測序 概述 在多細胞生物中,單個細胞的基因表達嚴格按特定的時間和空間順序發生,即基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過對不同時間點的樣本取材,使用單細胞轉錄組測序技術來解析時間維度上細胞類型和基因表達模式。空間特異性信息則相對較難獲得。常規轉錄組測序和單細胞轉錄組測序 ...
好,載入IGV,再截圖幾個基因看看! 順便對bam文件進行簡單QC,參考直播我的基因組系列。 ...
“三代轉錄組”是什么?對於混跡在科研領域的一員,如果現在還不了解全長轉錄組測序,恐怕都不好意思說自己了解高通量測序了呢! 今天小編總結了一些三代全長轉錄組測序的相關問題,給大家來一個詳細全面的解釋,希望可以幫到愛學習的您哦! 1.什么是三代全長轉錄組測序 三代全長轉錄組測序,即利用 ...
作業要求: 實現這個功能的軟件也很多,還是煩請大家先自己搜索幾個教程,入門請統一用htseq-count,對每個樣本都會輸出一個表達量文件。 需要用腳本合並所有的樣本為表達矩陣。參考:生信編程直播第 ...