StringTie是約翰·霍普金斯大學計算機生物中心開發的一款轉錄組組裝軟件，在組裝轉錄本的完整度，精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有參考基因組轉錄組主流的組裝軟件。
軟件的下載
wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz
tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gzStringTie 使用說明:新版本更新之后去掉了一些參數
stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]
[-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]
[-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]
[-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.out>] [-h] {-B | -b <dir_path>}選項:
--version : 輸出軟件的版本信息
-G 參考序列的基因注釋文件 (GTF/GFF3)
-l 輸出轉錄本的名稱前綴 (default: STRG)
-f 最少轉錄本的比例 (default: 0.1)
-m 組裝轉錄本的最小長度 (default: 200)
-o 組裝轉錄本的GTF注釋文件 (default: stdout)
-a 連接位點錨定序列的最小長度 (default: 10)
-j 連接位點的最小覆蓋度 (default: 1)
-t 基於覆蓋度對預測的轉錄本進行修正 (default: coverage trimming is enabled)
-c 組裝轉錄本的reads最小覆蓋度(default: 2.5)
-v 輸出log 信息
-g 比對上的reads 間距大於閥值則新城一個新的轉錄束 (default: 50)
-C 輸出參考轉錄本中被reads 覆蓋到的轉錄本
-M 轉錄束允許多比對reads覆蓋的最大占比 (default:0.95)
-p 線程（CPU)數 (default: 1)
-A 基因豐都輸出文件
-B 在輸出的GFT同目錄下輸出Ballgown table 文件
-b 在 <dir_path> 目錄下輸出Ballgown table 文件
-e 只對參考轉錄本進行豐都評估 (requires -G)
-x 不在參考序列區域組裝任何的新轉錄本
-u 多比對校正 (default: correction enabled)
-h 輸出軟件的幫助信息
軟件的使用
如果是只需要對已知的基因進行定量使用下面的命令
stringtie -p 18 -G Homo_sapiens.GRCh38.89.protein_coding.gtf -B -e -o Ctrl-1.gtf -A Ctrl-1_abundance.txt -l Ctrl-1 Ctrl-1.bam使用的參數說明
-p 設置運行的線程數
-G 設置GTF基因組注釋文件
-B 在GTF的輸出目錄下輸出ballgown table文件，用於使用ballgown table進行差異表達分析
-e 只對參考轉錄本進行豐度的計算，需要提供GTF注釋文件
-o 輸出生成的GTF注釋文件
-A 輸出基因的豐度計算結果
-l 設置前綴名
最后接輸入的bam文件，輸入的bam文件是要排序之后的文件，一般是默認按照染色體順序排序如果是需要組裝新的轉錄本使用下面的命令
stringtie CM11.bam -G CM.gtf -o CM11.gtf -f 0.3 -j 3 -c 5 -g 100 -s 10000 -p 24使用的參數說明
-f 最少的轉錄本比例
-j 連接位點的最小長度
-c 組裝的轉錄本的最小read覆蓋度
-g 比對上的reads 間距大於閥值則新城一個新的轉錄束
-s 新版已經沒有了這個參數，主要當作組裝轉錄本的時候的一個閾值
-p 線程數- 比較新的版本才有merge功能，
轉錄本合並模式使用說明:
stringtie --merge [Options] { gtf_list | strg1.gtf ...}
選項
-G <guide_gff> 參考轉錄本的注釋信息 (GTF/GFF3)
-o <out_gtf> 合並轉錄本的GTF輸出文件 (default: stdout)
-m <min_len> 合並轉錄本的最小長度(default: 50)
-c <min_cov> 合並轉錄本的最低覆蓋度(default: 0)
-F <min_fpkm> 合並轉錄本的最小FPKM值(default: 1.0)
-T <min_tpm> 合並轉錄本的最小TPM值(default: 1.0)
-f <min_iso> isoform 最小比例(default: 0.01)
-g <gap_len> 轉錄本見GAP長度小於閥值則合並兩轉錄本 (default: 250)
-i 允許合並轉錄本中有內含子保留; by default
-l <label> 輸出的轉錄本名稱前綴 (default: MSTRG)使用方法如下:
需要先將單個樣品得到的gtf放到一個mergelist.txt文件里面，然后使用--merge參數即可，也可以設置-m，-c，-F，-T以及-f等參數對組裝后的轉錄本在merge時進行過濾，同時也可以加入-G 參數輸入參考的gtf注釋文件
stringtie --merge -p 20 -o stringtie_merged.gtf mergelist.txt<wiz_tmp_tag id="wiz-table-range-border" contenteditable="false" style="display: none;">