轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 StringTie 轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 轉錄組分析流程 HISTA + StringTie 組合。其Protocol 發表在Nature Protocol ...
StringTie是約翰 霍普金斯大學計算機生物中心開發的一款轉錄組組裝軟件,在組裝轉錄本的完整度,精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有參考基因組轉錄組主流的組裝軟件。 軟件的下載 StringTie 使用說明:新版本更新之后去掉了一些參數 選項: version : 輸出軟件的版本信息 G 參考序列的基因注釋文件 GTF GFF l 輸出轉錄本的名稱前綴 defa ...
2019-06-18 17:23 0 501 推薦指數:
轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 StringTie 轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 轉錄組分析流程 HISTA + StringTie 組合。其Protocol 發表在Nature Protocol ...
做完基因組組裝后,通常要評估基因組的質量,目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage,BUSCO,LAI等。轉錄組數據比對率也是我們常用的方法,通常可以排除轉錄組數據是否存在問題,也方便在后續注釋中排除轉錄組數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...
因組序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...
1. 前期准備 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息,尤其是GC ...
目錄 1.常用HiC掛載軟件 2. Juice_box手工糾錯 1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC 張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組,肯定是首選。對於簡單基因組,我跑了下,結果不佳。提了issue,張老師特意開發 ...
轉錄組的組裝Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先這兩款軟件都是用於基於參考基因組的轉錄組組裝,當然也可用於轉錄本的定量。前者於2016年 ...
原文鏈接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多種方式利用PacBio長reads來生成和改進大型基因組的de novo組裝。 你可以用幾種不同的方法: PacBio-only de novo 組裝。long insert ...
轉錄組分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 轉載▼ 標簽: 生物信息學 轉錄組 1.Hisat2建立 ...