oPOSSUM 3.0的介紹 oPOSSUM是一個網頁工具,用來檢測檢測基因或序列中over-presented的保守轉錄因子結合位點和結合位點組合。 網址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 這里由於我們使用 ...
什么是轉錄因子 轉錄因子 轉錄因子基本介紹 什么是轉錄因子 轉錄因子 Transcriptionfactor,TF 是一個能與特異DNA序列結合的蛋白,可以單獨或與其他蛋白形成復合體,提高或阻斷特性基因對RNA聚合酶的招募,調控着基因的表達。轉錄因子特點是它包含一個或多個DNA結合域 DNA binding domain, DBDs ,通過這些結合域與基因附近的DNA序列結合,從而完成調控 轉錄因 ...
2018-10-18 22:37 0 10052 推薦指數:
oPOSSUM 3.0的介紹 oPOSSUM是一個網頁工具,用來檢測檢測基因或序列中over-presented的保守轉錄因子結合位點和結合位點組合。 網址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 這里由於我們使用 ...
研究可以做得很淺,查查genecard數據庫,從數據庫里找找motif,用工具跑跑target gene,構建一下基因調控網絡GRN。 研究也可以做得很深,了解一個物種里面有哪些transcription factor families,這些轉錄因子各自是如何發揮作用的,這些家族是如何歸類 ...
ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:http://genome.imim.es/datasets/abs ...
轉錄因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因組里很容易出現隨機比對,而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現,說明它的可變性,因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的,因為很難找到一個方法(閾值)來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
生物信息里面有幾種典型的network: PPI,就是蛋白互做的網絡,直接可以從STRING數據庫下載; TF correlation network,就是根據轉錄組的數據來構建相關性; TF target network,SCENIC等就是做這個的; 自己構思 ...
進入http://cistrome.org/db/#/數據庫 輸入你感興趣的轉錄因子,比如HDAC1 選擇物種,以及你感興趣的cell type 點擊可以查詢”check a putative target“ 也可以下載全部的”Putative Target ...
眾所周知,全基因組關聯分析(GWAS)發現的很多變異位點基本為非編碼,這些變異位點1)要么調控基因表達(eQTL); 2)要么影響增強子活性; 3)要么影響轉錄因子(TF)結合特異性; 4)要么啥也不是。 針對以上四種情況: 1)是否調控基因表達(eQTL)可通過GTEx(https ...
ORF和CDS的區別 ORF的英文展開是open reading frame(開放閱讀框)。 CDS的英文展開是coding sequences (編碼區)。 CDS:DNA轉錄成mRNA,mRNA經剪接等加工后翻譯出蛋白質,所謂CDS就是與蛋白質序列一 一對應的DNA序列,且該序列中間不含 ...