原文:fasta/fastq格式解讀

知識簡介 . 測序質量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是質量值。phred軟件在對reads進行base calling的時候會給出每一個鹼基的質量值,這個質量值的計算與測序預期錯誤率相關 estimated probability of error : Phred Quality Score Probability of incorrect base call Base ...

2018-08-17 16:16 0 4505 推薦指數:

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fastafastq格式文件解讀

1、FASTA文件的格式 在生物信息學中,FASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示,且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元,各行記錄信息如下: 第一 ...

Mon May 08 22:30:00 CST 2017 0 3327
FASTQ 文件格式轉換為 FASTA 格式

1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項: fastq文件必須是解壓格式 ...

Sat Sep 23 01:10:00 CST 2017 0 4317
FASTQ格式

FASQT格式是用於存儲生物序列(通常是核苷酸序列)及其相應的鹼基質量分數的一種文本格式。為簡潔起見,序列字母和質量分數均使用單個ASCII字符進行編碼。最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)開發用於捆綁FASTA格式的序列和其鹼基 ...

Tue May 01 00:36:00 CST 2018 0 4135
文件格式——fastq格式

fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列(通常是核酸序列)以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式,多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'開始,后面 ...

Wed May 03 19:36:00 CST 2017 0 1266
如何用fastq-dump把sra格式轉成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI 推出的存儲高通量數據的格式,而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq,從 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m ...

Tue Apr 16 00:16:00 CST 2013 0 21763
 
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