首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟： 第一步，打開你的基因組數據bim文件（Plink格式），隨便找一個 ...

mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較，可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件（或者GENBANK identifier） 上傳文件不得> 10 Mb ...

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型，有三種策略： 同源預測(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高，所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄組預測 ...

全基因組關聯分析流程： 一、准備plink文件 1、准備PED文件 PED文件至少有六列，內容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...

2021年08月24日 更新 給每個exon編排序號，方便管理 cat gencode.v37.annotation.gtf | grep ENSG00000011304 | cut -f1 ...

GCTA(全基因組復雜性狀分析)工具開發目的是針對復雜性狀的全基因組關聯分析，評估SNP解釋的表型方差所占的比例(該網站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可實現以下功能： 1 評估全基因組SNP的親緣關系（遺傳關系） 2 評估全 ...

參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...

基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...