比對軟件Blast，Blast+，Diamond比較
1. Blast （1）格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數： -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型，是核苷酸序列數據庫（F - nucleotide）/蛋白質序列數據庫（T – protein ...
原文：blast | diamond 輸出結果選擇和解析 | 比對
之前的文章：構建NCBI本地BLAST數據庫 NR NT等 blastx diamond使用方法 blast構建索引 makeblastdb 本地運行blast時，需要指定out format。 常見的網頁版blast結果可以參照：Blast結果的詳細解析 Formatting options outfmt lt String gt alignment view options: Pairwise ...
2018-03-19 16:53 0 6472 推薦指數：
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轉載：http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 標簽： NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比對結果報告分析:BLAST是NCBI開發的一款序列相似搜索程，常用在線的BLAST比對工具進行序列 ...
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1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...
blast及其格式輸出簡介
1）blast產生背景 雙序列比對可以采用是基於動態規划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，雖然精度高，但計算消耗大。當與數據庫比對的時候，該算法就顯得不切實際。因此TASTA，blast采用啟發式算法 ...
用blast blastn進行短序列的搜索（比對）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：設置比對模式，通常情況會有一個默認task，這里要設置為blastn-short -word_size：盡可能小，這里設為7 -evalue：類似於p值的一個指標，越小說明越 ...
Blat_類BLAST 比對工具 & GNU Parallel
Blat Blat，全稱 The BLAST-Like Alignment Tool，可以稱為"類BLAST 比對工具"，對於DNA序列，BLAT是用來設計尋找95%及以上相似至少40個鹼基的序列。對於蛋白序列，BLAT是用來設計尋找80%及以上相似至少20個氨基酸的序列。 Blat ...
生信分析-windows-blast序列比對
這是一個嘗試性的文章，能不能解決我要解決的問題，並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面，實現將短序列比對上reference基因組，並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站，打開NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...
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